ISIDORE.md 31.4 KB
Newer Older
1
# ISIDORE
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
2

3
## Qu’est-ce qu’ISIDORE ?
4

nsauret's avatar
nsauret committed
5
ISIDORE est un moteur et un assistant de recherche permettant d’accéder en ligne aux
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
6
publication, travaux, documents et données numériques des sciences humaines et sociales.
7

nsauret's avatar
nsauret committed
8
Il permet de rechercher dans plusieurs millions de documents (articles, thèses et mémoires, rapports, jeux de données, pages Web, notices de bases de données, fonds d’archives scientifiques, etc.), des signalements évènements (séminaires, colloques, etc.) et propose des fonctionnalités de réseau social scientifiques.
9

Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
10
Il est accessible sur [isidore.science](https://isidore.science). Pour plus
nsauret's avatar
nsauret committed
11
d’information sur ISIDORE, vous pouvez consulter la page "[À
12
13
propos](https://isidore.science/apropos)" du site.

nsauret's avatar
nsauret committed
14
Lancé le 8 décembre 2010, ISIDORE est le fruit de la collaboration du "très grand équipement" Adonis du CNRS (2007-2013), du Centre pour la communication scientifique directe et des sociétés Antidot, Mondéca et Sword.
15
16

ISIDORE est actuellement développement et exploité par la TGIR Huma-Num.
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
17

18
## Comment utiliser ISIDORE ?
19

nsauret's avatar
nsauret committed
20
ISIDORE propose plusieurs outils pour rechercher, découvrir, collecter et organiser les contenus qu’il indexe :
21

nsauret's avatar
nsauret committed
22
Il propose un [moteur de recherche par pertinence](https://isidore.science) qui peut être utilisé avec plusieurs méthodes d’interrogation.
23

nsauret's avatar
nsauret committed
24
25
-   Par défaut, ISIDORE cherche tous les mots d’une requête posée par
    l’utilisateur/utilisatrice en enlevant les mots vides (de, la, le,
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
    les, etc.) ;
-   Il est possible de chercher un document avec une phrase complète ou
    un groupe de mots en utilisant les guillemets autour de la phrase,
    par exemple : "direction de conscience" cherchera précisément
    cette phrase. Ainsi, dans ce cas-là, le "de" ne sera pas considéré
    comme un mot vide ;

Plusieurs opérateurs de recherche booléens sont disponibles dans
ISIDORE. À noter que la syntaxe des opérateurs est importante dans
ISIDORE, ils sont toujours en MAJUSCULE (ex. ET ou AND) :

nsauret's avatar
nsauret committed
37
- ET (AND) : l’intersection permet de trouver les termes (ou ensemble
38
39
40
    de termes) communs à la requête. Par exemple : 
    -   conscience ET genre
    -   "guerre froide" ET migrations
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
41
- OU (OR) : la réunion permet de trouver les termes cherchés
nsauret's avatar
nsauret committed
42
    appartenant aux deux ensembles de termes, ou à l’un ou à l’autre.
43
44
    Par exemple : 
    -   "web sémantique" OU "web 3.0"
nsauret's avatar
nsauret committed
45
- SAUF (NOT) : l’exclusion permet de réduire le bruit en excluant des
46
47
    termes. Par exemple :
    -   révolution SAUF Française
nsauret's avatar
nsauret committed
48
- PROCHE(n.) (NEAR(n.)) : l’opérateur PROCHE(n.) (comprendre "proche
49
50
51
52
    de") permet de lier des termes en indiquant une valeur "n." de
    proximité entre ces derniers. Il fonctionne comme un ET avec n.
    mot(s) entre les termes. La valeur "n." indique le nombre de mots
    devant séparer les deux termes recherchés. PROCHE fonctionne aussi
nsauret's avatar
nsauret committed
53
    sans la valeur n. et est dans ce cas-là égal à un PROCHE(10), c’est
54
55
56
57
    à dire 10 mots entre les termes recherchés (espacement standard).
    -   maison PROCHE(4) noblesse : recherche maison et noblesse avec
        une proximité de 4 mots

Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
58
Il propose également une recherche avancée très complète à
nsauret's avatar
nsauret committed
59
l’adresse : <https://isidore.science/as> et également accessible depuis
60
61
la première page du site.

Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
62
63
Il propose un espace personnel pour les chercheurs permettant :

nsauret's avatar
nsauret committed
64
65
66
67
68
- de collecter, de classer, d’organiser les documents trouvés
- d’y regrouper l’ensemble de sa production scientifique afin de l’éditorialiser dans une page de profil personnel
- d’y suivre les productions de collègues
- d’y publier ses requêtes et leurs résultats à des fins de veille
- d’y constituer des bibliographies exportables vers Zotero
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
69

70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
### ISIDORE propose-t-il une connexion avec Zotero ?

#### Utilisation depuis ISIDORE du connecteur Zotero (la plus courante)

ISIDORE est compatible avec Zotero et permet d’importer les références des documents sur deux niveaux dès lors que l’utilisateur a installé [le connecteur Zotero](https://www.zotero.org/download/) dans son navigateur :

- Sur la page listant les résultats d’une recherche
- Dans la page de visualisation d’un document

#### Utilisation depuis Zotero du connecteur de recherche ISIDORE

L’outil Zotero permet d’utiliser des moteurs de recherche pour rechercher ou compléter des références bibliographiques directement depuis l’interface de Zotero. Nous proposons ici deux connecteurs ISIDORE pour Zotero permettant d’utiliser ISIDORE à partir de recherche sur les auteurs.

L’ajout d’ISIDORE à Zotero permet :

- De compléter des références à partir d’une recherche sur le nom de l’auteur : c’est le "ISIDORE, aide-moi à trouver ce qu’il/elle a publié."
- De trouver des documents dans lequel l’auteure ou l’auteur est cité : c’est le "ISIDORE, qu’as-tu sur l’auteur/auteure ?"

Ces [connecteurs et leurs documentations sont disponibles sur le gitlab de la TGIR Huma-Num](https://gitlab.huma-num.fr/spouyllau/ISIDORtero).

### Utilisation des flux RSS

Le logiciel de gestion de bibliographie [Zotero](https://zotero.org) utilise par ailleurs les flux RSS permettant à ses utilisateurs de faire de la veille scientifique. ISIDORE propose la fonctionnalité de transformer ses requêtes enregistrées sous la forme d’un flux RSS sous la forme d’une adresse URL. Les flux RSS créés dans ISIDORE sont mis à jour, comme l’ensemble des contenus du moteur de recherche, une fois par mois environ. Ainsi, il est possible de suivre, depuis Zotero, la mise à jour des documents d’Isidore issus des requêtes enregistrées.

Pour cela, il faut demander à ISIDORE --- dans son espace personnel en
mode connecté, le lien vers le flux RSS d’une requête enregistrée en
allant dans : espace personnel > Mes requêtes :

 ![](https://documentation.huma-num.fr/images/isidore.png){width="600"
height="356"}

Pour une requête enregistrée, il faut cliquer sur le pictogramme "Flux
RSS de la requête" disponible à droite :

![](https://documentation.huma-num.fr/images/isidore-rss-001.png){width="233"
height="137"}

et d’en copier le lien avec :

![](https://documentation.huma-num.fr/images/isidore-requeteRSS.png){width="192"
height="136"}

Le lien copier est de la forme : 

-   https://isidore.science/feed/lt3913

Si votre navigateur est équipé d’un module de lecture des flux RSS, il
sera possible d’utiliser ce lien directement dans votre navigateur.
Dans notre exemple, Nous allons l’utiliser dans Zotero.

Dans Zotero, il faut faire : Nouveau flux > À partir de l’URI :

![](https://documentation.huma-num.fr/images/zot-001.png){width="438"
height="124"}

Puis d’ajouter l’url du flux fournit par ISIDORE (avec le navigateur
Safari sous MacOS prendre soin de retirer la mention "feed:" de
l’url). Venir ensuite le coller dans "URL" de la fenêtre de création
de flux RSS de Zotero, exemple ci-dessous :

![](https://documentation.huma-num.fr/images/zot-002.png){width="568"
height="364"}

Il faut ensuite donner un titre à son flux, par exemple :
"isidore.science - veille sur ...".

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
136
137
## Que trouve-t-on dans ISIDORE ?

138
139
### Organisation des documents et données dans ISIDORE

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
140
141
142
143
144
145
146
147
ISIDORE contient plusieurs millions de documents en SHS qui moissonnés, enrichis avec des référentiels scientifiques et indexés. Ils sont organisés en :

- Documents et données de la recherche (fonds d'archives, matériaux bruts, photographies, films, jeux de données, statistiques, etc) et sont identifiés dans l'ontologie d'ISIDORE par : http://isidore.science/class/primaires
- Documents et données publiées (articles, livres, mémoires et thèses, rapports, etc.) et sont identifiés dans l'ontologie d'ISIDORE par : http://isidore.science/class/secondaires
- Evènements scientifiques (colloques, journées d'études, etc.) et sont identifiés dans l'ontologie d'ISIDORE par : http://isidore.science/class/evenementielles


Pour un grand nombre de disciplines des SHS, ISIDORE permet de rechercher des documents venant des principales plateformes de publications du monde entier, ainsi qu’un grand nombre des fonds numérisés par les bibliothèques nationales, universitaires et
148
municipales.
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
149
150
151
Pour des usages poussés de recherche, la [recherche avancée d’ISIDORE](https://isidore.science/as) offre par exemple, la
possibilité de rechercher des documents entre deux dates et par discipline ou encore par collections.

152
Les principales plateformes de publications (revues et livres) présentes dans ISIDORE sont :
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
153
154
155
156
157
158
159
160
- OpenEdition
- Cairn
- Persée
- Erudit
- Oapen
- Redalyc
- Scielo Books

161
La liste complète des collections contenant des publications peut être obtenu en requêtant [le 3store d'ISIDORE](https://isidore.science/sqe) avec la SPARQL [suivante](https://isidore.science/sparql?query=SELECT+*+WHERE+%7B%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2FCollection%3E.%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2Fpublications%3E.%0D%0A%3Fs+dcterms%3Atitle+%3Ftitre%0D%0A%7D+ORDER+BY+ASC%28%3Ftitre%29&format=text%2Fhtml&debug=on&timeout=0) :
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
162
163
164
165
166
167
168
169
170

```
SELECT * WHERE {
?s rdf:type <http://isidore.science/class/Collection>.
?s rdf:type <http://isidore.science/class/publications>.
?s dcterms:title ?titre
} ORDER BY ASC(?titre)
```
Les principales bibliothèques numériques (municipales, nationales, etc.) présentes dans ISIDORE sont :
171
- Gallica
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
- Sélène
- E-rara
- NuBIS
- Octaviana
- Burgerbibliothek
- Berkeley Library Digital Collections
- Argonnaute
- BNE
- Cornell
- Didόmena

183
La liste complète des collections contenant des fonds d'archives et collections de livre peut être obtenu en requêtant [le 3store d'ISIDORE](https://isidore.science/sqe) avec la SPARQL [suivante](https://isidore.science/sparql/?default-graph-uri=&query=SELECT+*+WHERE+%7B%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2FCollection%3E.%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2Fprimaires%3E.%0D%0A%3Fs+dcterms%3Atitle+%3Ftitre%0D%0A%7D+ORDER+BY+ASC%28%3Ftitre%29&format=text%2Fhtml&timeout=0&debug=on) :
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
184
185
186
187
188
189
190
191

```
SELECT * WHERE {
?s rdf:type <http://isidore.science/class/Collection>.
?s rdf:type <http://isidore.science/class/primaires>.
?s dcterms:title ?titre
} ORDER BY ASC(?titre)
```
192

193
### Interopérabilité d'ISIDORE les principales plateformes de données en SHS
194

195
#### Les données déposées et documentées dans NAKALA peuvent-elles être référencées par ISIDORE ?
196

197
198
199
200
Oui, les données déposés et documentées dans NAKALA peuvent être
accessibles dans ISIDORE. NAKALA propose en standard le protocole
OAI-PMH qui permettent de rendre interopérables les métadonnées, et donc
de les référencer par ISIDORE.
201

202
203
204
205
Le référencement par moissonnage OAI-PMH n’est cependant pas
automatique pour le moment, notamment pour permettre aux utilisateurs de préparer et d'organiser leurs
données et métadonnées. Pour être référencé, il suffit de nous contacter
via <isidore-sources@huma-num.fr>.
206

207
#### Comment des images scientifiques déposées dans l’archive ouverte MédiHAL seront-elles accessibles dans ISIDORE ?
208

209
210
211
212
213
214
Tous les fichiers aux formats image, audio et vidéo déposés dans
l’archive ouverte MédiHAL sont automatiquement référencés dans ISIDORE
et indexés au niveau de leurs métadonnées (y compris les métadonnées
IPTC pour les images fixes). Tous ces documents et leurs notices sont
donc accessibles à travers les différentes interfaces d’interrogation
d’ISIDORE.
215

216
#### Les fichiers et documents déposés dans Zenodo peuvent-ils être référencés par ISIDORE ?
217

218
219
220
Oui, il est possible pour ISIDORE de référencer les fichiers et
documents déposés et documentés sur la plateforme
[Zenodo](https://zenodo.org).
221

222
223
224
225
226
227
228
Le référencement repose sur le principe du moissonnage OAI-PMH sur un
ensemble de fichiers et données (et donc leurs métadonnées) correspondant à un ou
des identifiant(s) correspondants aux identifiants des "communities" dans Zenodo (voir (https://developers.zenodo.org/#sets)).
Nous pouvons aussi regrouper plusieurs identifiants Zenodo dans une même
collection ISIDORE permettant ainsi aux déposants de plusieurs corpus
déposés dans Zenodo de les regrouper dans ISIDORE pour leur donner plus
de visibilité.
229

230
231
232
233
Pour ajouter dans ISIDORE vos dépôts Zenodo, [merci de nous envoyer
l’URL
OAI-PMH](mailto:isidore-sources@huma-num.fr?subject=%22Je%20souhaiterai%20faire%20moissonner%20mes%20dépôts%20Zenodo%22)
de votre dépôt (voir <https://developers.zenodo.org/#oai-pmh>). 
234

235
À lire sur le sujet : 
236

237
238
239
240
241
-   [Comment faire pour que des données soient référencées par ISIDORE
    ?](/content/12/54/fr/comment-faire-pour-que-des-donnees-soient-referencees-par-isidore-.html "Comment faire pour que des données soient référencées par ISIDORE ?")
-   [Comment signaler ses données dans ISIDORE avec des métadonnées et
    le protocole OAI-PMH
    ?](/content/12/75/fr/comment-signaler-ses-donnees-dans-isidore-avec-des-metadonnees-et-le-protocole-oai_pmh-.html "Comment signaler ses données dans ISIDORE avec des métadonnées et le protocole OAI-PMH ?")
242

243
## Quelle est la fréquence de mise à jour d’ISIDORE ?
244

245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
ISIDORE est mis à jour, de façon incrémentale, en moyenne une fois par
mois. Pourquoi ce délai ? En plus de moissonner et d’indexer les
documents, ISIDORE les enrichit à l’aide de concepts issus de
référentiels scientifiques (thésaurus, taxonomie, etc.). Ce travail d’enrichissement sémantique est
automatique et permet de vous proposer des suggestions de lecture. Il
s’agit de vous faire découvrir des documents autres que ceux que vous
cherchiez. Cela nécessite un certain temps de traitement et de calcul.
Les mises à jour des documents vous concernant, qui vous seront ainsi
proposés dans votre compte utilisateur comme des documents à
revendiquer, suivront elles aussi ce rythme mensuel de mise à jour.
255

256
## ISIDORE peut-il indexer des documents et données multilingues ?
257

258
259
260
Oui. Depuis 2015, les documents et jeux de données en anglais, espagnol
et français sont indexés, enrichis et reliés aux référentiels scientifiques par ISIDORE (métadonnées et texte intéral). Pour le texte intéral hors de ces trois langues, il est indexé dans la langue du document mais l'enrichissement n'a pas lieu.
Pour plus d’information, vous pouvez consulter notre billet sur le sujet : [Isidore speaks English, sino también español et toujours en français](http://humanum.hypotheses.org/921).
261

262
## Comment faire pour que des données soient référencées par ISIDORE ?
263
264
265
266
267
268
269

Il y a deux façon de faire référencer des données et documents par
ISIDORE :

-   Proposer ses données via un flux XML de métadonnées normalisées et
    utilisant le protocole OAI-PMH associé à des métadonnées au format
    Dublin core. Cette méthode est adaptée pour les bases de données
nsauret's avatar
nsauret committed
270
271
    documentaires, les corpus, les fonds d’archives scientifiques et les
    bibliothèques de documents/données. A titre d’exemple, un outil tel
272
273
274
275
276
    que Omeka propose OAI-PMH via un module (voir
<http://info.omeka.net/build-a-website/manage-plugins/oai-pmh-repository/>).
-   Proposer ses données via [un flux sitemap XML pointant vers des
    pages web contenant des métadonnées
    RDFa](https://documentation.huma-num.fr/index.php?solution_id=1035).
277
    Cette méthode est adaptée aux sites web de programme de recherche présentant des corpus de documents ou de données, blogs scientifique (hors Hypotheses.org), et pages Web en général.
278
279
280
281
282

Pour aller plus loin, un guide plus technique est disponible en ligne :
[comment contribuer à ISIDORE avec ses données
numériques](http://www.huma-num.fr/sites/default/files/guide-isidore.pdf).

283
### Comment signaler ses données dans ISIDORE avec des métadonnées et le protocole OAI-PMH ?
284
285
286
287
288
289

Pour signaler ses données dans ISIDORE en utilisant le protocole
OAI-PMH, il suffit :

-   De préparer ses données et ses métadonnées en utilisant le
    vocabulaire documentaire Dublin Core Element Set ou le Dublin Core
nsauret's avatar
nsauret committed
290
    Terms, suivant le niveau de précision que l’on souhaite et de les
291
    rendre accessibles via le protocole OAI-PMH
292
-   D’organiser et de documenter les *Sets* de son entrepôt OAI-PMH
nsauret's avatar
nsauret committed
293
-   De signaler à <isidore-sources@huma-num.fr> l’adresse de son
294
295
    entrepôt à Huma-Num

296
#### Les "sets" en OAI-PMH :
297
298
299
300

Le protocole OAI-PMH permet, par la création de *sets*, de rassembler un
ensemble cohérent de notices dont le périmètre est laissé à la libre
appréciation du producteur des données. Il permet aussi de définir une
nsauret's avatar
nsauret committed
301
hiérarchie dans les *sets* avec un mécanisme d’héritage en précisant
302
dans le nom du set le nom du ou des *sets* parents et du *set* enfant
nsauret's avatar
nsauret committed
303
séparé par le caractère `:`. ISIDORE est en capacité d’utiliser ces
304
*sets* pour limiter le moissonnage à un ensemble de notices ou pour
nsauret's avatar
nsauret committed
305
différencier différentes sources de données au sein d’un même entrepôt.
306
307
Le producteur devra donc préciser les modalités de moissonnage qui lui
paraissent les plus appropriées afin de valoriser au mieux ses
nsauret's avatar
nsauret committed
308
ressources au sein d’ISIDORE. Pour cela, il indiquera le ou les *sets*
309
310
311
concernés ou une règle permettant de distinguer les *sets* à prendre en
compte.

312
#### Les notices en OAI-PMH ou "record" :
313

nsauret's avatar
nsauret committed
314
315
316
Dans le cadre d’ISIDORE, chaque record correspond à un document. Le
moissonneur d’ISIDORE exploite ainsi les métadonnées décrites selon le
profil d’applications défini par l’Open Archive Initiative pour le
317
318
Dublin Core Element Set (connu aussi Dublin Core "simple"). De
surcroît, le moissonneur collecte également le ou les documents en texte
nsauret's avatar
nsauret committed
319
320
intégral dont les URL (débutant par `https://` ou `http://`) sont indiquées
dans l’élément `<dc:identifier>`
321
322
323
324
325
326

Nous recommendons aux producteurs de données de proposer des record les
plus riches possible en métadonnées. En effet, la pertinance dans
ISIDORE favorise les métadonnées les plus riches possibles. Des champs
tel que :

nsauret's avatar
nsauret committed
327
```xml
328
329
330
331
332
333
334
<dcterms:description>
<dcterms:creator>
<dcterms:date>
```

sont indispensables.

335
##### Exemple d’une notice en OAI-PMH :
336

nsauret's avatar
nsauret committed
337
```xml
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
<record>
<header>
<identifier>oai:halshs.archives-ouvertes.fr:halshs-00514304</identifier>
<datestamp>2010-09-02T11:06:50Z</datestamp>
<setSpec>halshs</setSpec>
<setSpec>SHS:ECO</setSpec>
<setSpec>SDV:BIO</setSpec>
<setSpec>INFO:INFO_BT</setSpec>
<setSpec>SDV:SA:AEP</setSpec>
<setSpec>SDV:SA:STA</setSpec>
<setSpec>CIRAD</setSpec>
<setSpec>SHS</setSpec>
</header>
<metadata>
<oai_dc:dc xsi:schemaLocation=”http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd”>
<dc:identifier>http://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00514304/en/ </dc:identifier>
<dc:identifier>http://halshs.archives-ouvertes.fr/docs/00/51/43/98/PDF/Regulation_GMO_pprint.pdf</dc:identifier>
<dc:identifier>http://halshs.archives-ouvertes.fr/docs/00/51/43/98/PDF/ppt_nocmt_broader_regulation.pdf </dc:identifier>
<dc:title>Broadening the scope of regulation: a prerequisite for a positive contribution of transgenic crop useto sustainable development</dc:title>
<dc:creator>Fok, Michel</dc:creator>
<dc:subject>[SHS:ECO] Humanities and Social Sciences/Economy and finances </dc:subject>
<dc:subject>[SDV:BIO] Life Sciences/Biotechnology</dc:subject>
<dc:subject>[INFO:INFO_BT] Computer Science/Biotechnology</dc:subject>
<dc:subject>[SDV:SA:AEP] Life Sciences/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics </dc:subject>
<dc:subject>[SDV:SA:STA] Life Sciences/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture</dc:subject>
<dc:subject>regulation</dc:subject>
<dc:subject>coordination</dc:subject>
<dc:subject>GMO</dc:subject>
<dc:subject>biotechnology</dc:subject>
<dc:subject>seed price</dc:subject>
<dc:subject>research</dc:subject>
<dc:subject>weed resistance</dc:subject>
<dc:subject>pest complex shift</dc:subject>
<dc:description>Ex-ante regulation of transgenic crop use generally prevails, before the authorization of commercial release.This kind of regulation addresses the concerns of biosafety and coexistence, under pressure of pros and/or cons of GMO. After fifteen years of large scale use of transgenic crops (notablysoybean and cotton) in various countries (USA, China, Brasil, India...), ecological and economic phenomena are observed and which could threaten the sustainable use of transgenic varieties. I advocate that the regulation scope must be extended so as to a) promote a systemic and coordinatedapproach of transgenic crop use, b) ensure seed purity with regard to the transgenic trait, c) maintain research on non-transgenic varieties, and d) warrant fair pricing of transgenic seeds.</dc:description>
<dc:coverage>Montpellier</dc:coverage>
<dc:coverage>France</dc:coverage>
<dc:date>2010-08-29</dc:date>
<dc:language>English</dc:language>
<dc:type>proceeding with peer review</dc:type>
<dc:source>Proceedings of Agro2010, the XIth ESA Congress</dc:source>
<dc:source>Agro2010, the XIth ESA Congress</dc:source>
</oai_dc:dc>
</metadata>
</record>
```

En plus de cette description en *Dublin Core Element Set*, chaque
enregistrement peut être décrit suivant un ou plusieurs formats de
nsauret's avatar
nsauret committed
386
387
388
389
métadonnées dont le choix est laissé à l’appréciation de
l’administrateur de l’entrepôt. Le moissonneur d’ISIDORE est en capacité
d’exploiter le format *Dublin Core Terms* et tous schémas XML permettant
l’exposition du texte intégral (dont la TEI ou l’EAD) améliorant ainsi
390
391
son indexation. Le producteur de données devra veiller à respecter
scrupuleusement les spécifications du protocole OAI-PMH dans sa version
nsauret's avatar
nsauret committed
392
2.0 et à autoriser l’accès à son entrepôt au moissonneur d’ISIDORE.
393
394

Nous conseillons aux producteurs de valider régulièrement la conformité
nsauret's avatar
nsauret committed
395
de leur entrepôt grâce, par exemple, aux [outils de l’Open archive
396
397
initiative](https://www.openarchives.org/pmh/tools/).

398
### Comment signaler ses données dans ISIDORE avec des métadonnées RDFa ?
399

nsauret's avatar
nsauret committed
400
Comment exprimer des métadonnées d’une page web très simplement en
401
402
utilisant la [syntaxe
RDFa](http://tcuvelier.developpez.com/tutoriels/web-semantique/rdfa/introduction/)
nsauret's avatar
nsauret committed
403
? Prenons par exemple un billet de blog publié avec WordPress. S’il
404
405
peut exister des [plugins pour faire
cela](http://wordpress.org/extend/plugins/search.php?q=RDFa),
nsauret's avatar
nsauret committed
406
l’obsolescence de ces derniers peut rendre difficile leur maintien dans
407
le temps. Une autre solution consiste à implémenter RDFa dans le code
nsauret's avatar
nsauret committed
408
409
HTML du thème WordPress que l’on a choisi. Pour ce que cela soit facile
et gérable dans le temps, le plus simple est d’utiliser l’entête HTML
nsauret's avatar
nsauret committed
410
`<head>` afin d’y placer des balises `<meta>` qui contiendront les
411
412
413
414
métadonnées.

Exprimer des métadonnées selon le modèle RDF via la syntaxe RDFa permet
à des machines (principalement des moteurs de recherche) de mieux
nsauret's avatar
nsauret committed
415
traiter l’information car elle devient plus explicite : pour une
416
machine, une chaîne de caractère peut être un titre ou un résumé, si
nsauret's avatar
nsauret committed
417
418
vous ne lui dites pas que c’est un titre ou que c’est un résumé elle
ne le devinera pas. A minima, il est donc possible d’utiliser les
nsauret's avatar
nsauret committed
419
balises `<meta>` pour définir une structure RDF offrant la possibilité
420
de structurer les métadonnées minimales par exemple avec le vocabulaire
nsauret's avatar
nsauret committed
421
documentaire Dublin Core Element Set. Le RDFa est une façon d’écrire des
422
423
424
triplets RDF dans du HTML (le "a" de RDFa veut dire "in
attributes").

425
#### Comment faire ?
426

nsauret's avatar
nsauret committed
427
En premier, il faut indiquer dans le DOCTYPE de la page web, qu’elle va
428
429
430
contenir des informations qui vont utiliser le modèle RDF, ainsi, le
DOCTYPE sera :

nsauret's avatar
nsauret committed
431
```xml
432
433
434
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML+RDFa 1.0//EN" "http://www.w3.org/MarkUp/DTD/xhtml-rdfa-1.dtd">
```

nsauret's avatar
nsauret committed
435
Dans la balise `<html>`, nous allons indiquer les adresses des
nsauret's avatar
nsauret committed
436
vocabulaires documentaires - par l’intermédiaire de namespace XML - qui
437
438
439
440
vont nous servir à typer les informations, dans notre exemple, nous
allons utiliser le Dublin Core simple et le Dublin Core Terms (DC Terms)
:

nsauret's avatar
nsauret committed
441
```xml
442
443
444
445
<html xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
446
447
448
xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/">
```

nsauret's avatar
nsauret committed
449
Il serait possible, pour encoder plus d’information, d’utiliser plus
450
451
de vocabulaires documentaires :

nsauret's avatar
nsauret committed
452
```xml
453
454
455
456
457
458
459
460
<html
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/"
xmlns:skos="http://www.w3.org/2004/02/skos/core#"
xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
461
462
463
464
465
466
xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#">
```

Ici, [foaf](http://www.foaf-project.org/) nous servirait à encoder des
informations relatives à une personne ou un objet décrit par les
métadonnées, [CC](http://creativecommons.org) nous permettrait de
nsauret's avatar
nsauret committed
467
signaler quelle licence Creative Commons s’appliquerait à ce contenu.
468
469
Après avoir déclaré des les vocabulaires documentaires que nous allons
utiliser, nous allons ajouter la structure RDFa au travers de balises
nsauret's avatar
nsauret committed
470
471
`<meta>` dans l’en-tête `<head>` de la page HTML. Dans un premier
temps, à l’aide d’une balise `<link>`, nous allons définir l’objet
472
473
numérique auquel les informations encodées en RDF seront rattachées :

nsauret's avatar
nsauret committed
474
```xml
475
476
477
478
<link rel="dc:identifier" href="http://monblog.com/monbillet.html" />
```

Cette balise définit donc un conteneur pour les informations que nous
nsauret's avatar
nsauret committed
479
allons indiquer à l’aide des balises `<meta>`. Ce conteneur est
nsauret's avatar
nsauret committed
480
481
identifié par une URI qui se trouve être une URL, c’est à dire
l’adresse de la page dans le web. Maintenant, nous enchaînons les
nsauret's avatar
nsauret committed
482
balises `<meta>` qui définissent donc un ensemble de métadonnées, c’est
483
484
485
486
487
488
à dire dans notre cas, des informations descriptives de la page web :

![](https://documentation.huma-num.fr/images/meta.png){width="646"
height="220"}

Suivant la nature du contenu de la page web, il sera bien sûr possible
nsauret's avatar
nsauret committed
489
490
d’être plus précis, plus fin et plus complet dans les informations
encodées. Par exemple, il sera judicieux d’utiliser le vocabulaire DC
491
492
493
494
495
496
497
498
Terms.

Le DC Terms permettra avec :

![](https://documentation.huma-num.fr/images/meta2.png){width="637"
height="67"}

de proposer une forme pour une référence bibliographique dans le cas
nsauret's avatar
nsauret committed
499
500
d’une page web décrivant un ouvrage par exemple. Il serait possible de
passer l’ensemble du texte d’une page web à l’aide du vocabulaire
501
502
503
SIOC [en utilisant la propriété
sioc:content](http://www.lespetitescases.net/rdfaiser-votre-blog-2-la-pratique).
Il est possible également de relier des pages web entre elles (pour
nsauret's avatar
nsauret committed
504
définir un corpus d’auteurs par exemple) en utilisant dans le
505
506
vocabulaire DC Terms la propriété du DC Terms : dcterms:isPartOf.

nsauret's avatar
nsauret committed
507
508
509
Une fois l’encodage RDFa fait dans les pages HTML, il vous reste à créer
un sitemap.xml listant les pages que vous souhaitez qu’ISIDORE moissonne
et nous soumettre l’URL de votre sitemap par e-mail
510
511
à isidore-sources@huma-num.fr.

nsauret's avatar
nsauret committed
512
513
Il est possible de tester l’extraction que fera ISIDORE de vos
métadonnées en RDFa à l’aide de l’application "ISIDORE à la demande"
514
515
disponible ici : <http://rd.rechercheisidore.fr/ondemand/fr/rdfa.html>

516
### Un site web utilisant Drupal peut-il être référencé par ISIDORE ?
517
518
519
520
521
522
523
524

Oui, il est possible de faire indexer par ISIDORE des pages web générées
par le CMS Drupal. Il y a deux façons de faire, suivant la nature des
contenus de vos pages :

-   Soit via le protocole OAI-PMH et dans ce cas il existe  plusieurs
    modules Drupal, voir sur
    [https://www.drupal.org/search/site/OAI-PMH](https://www.drupal.org/search/site/OAI-PMH?f%5B0%5D=ss_meta_type%3Amodule "OAI-PMH pour Drupal").
nsauret's avatar
nsauret committed
525
-   Soit via l’utilisation d’une structure de métadonnées en Dublin
526
527
    Core dans les pages web générées par Drupal utilisant RDFa et un
    sitemap.xml. Un article dédié à cette façon de procéder est
nsauret's avatar
nsauret committed
528
    disponible à l’adresse :
529
530
    [https://documentation.huma-num.fr/index.php?solution_id=1035](https://documentation.huma-num.fr/index.php?solution_id=1035%20)

531
## Périmètre d'ISIDORE
532

533
### Pourquoi certains articles ne se retrouvent pas dans ISIDORE ?
534
535
536
537
538
539

Si vous ne retrouvez pas la totalité de votre production scientifique
dans [ISIDORE](https://isidore.science), il peut y avoir plusieurs
explications. Il se peut que vos articles soient publiés dans des revues
qui ne sont pas électroniques ou qui ne rendent pas accessibles leurs
articles même longtemps après leur publication. En effet, depuis sa
nsauret's avatar
nsauret committed
540
541
création, [ISIDORE](https://www.rechercheisidore.fr) favorise l’open
access : l’indexation est meilleure pour les articles disponibles en
542
543
544
545
546
547
548
accès libre. De nombreuses revues électroniques ont fait ce choix au
travers de portails tels que Open Edition Journal (anciennement
Revues.org), Érudit, Persée, et Cairn.info, Redalyc et les articles de
ces revues sont donc collectés et indexés par
[ISIDORE](https://isidore.science).

Il se peut également que vos articles soient publiés en ligne, mais pas
nsauret's avatar
nsauret committed
549
550
551
552
553
554
555
556
sur une plateforme d’édition électronique (mais un site web), ou sur une
plateforme d’édition électronique ne permettant pas l’indexation via le
protocole standard (voir la question-réponse sur l’OAI-PMH).

D’autres revues rendent accessibles leurs articles, mais seulement après
une période d’embargo. Dans ce cas,
[ISIDORE](https://www.rechercheisidore.fr) n’indexe que les métadonnées
de l’article. Si vous vous connectez via votre bibliothèque
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
universitaire, centre de documentation ou par BibCNRS, il est possible
que vous ayez quand même accès à ces articles.

Il est possible de rechercher dans les collections indexées par
[ISIDORE](https://isidore.science) en utilisant le moteur lui-même et en
indicant que vous souhaitez recherche dans les collections.

Il se peut aussi que votre article soit publié sous forme de PDF image,
dans ce cas seul le référencement par
[ISIDORE](https://www.rechercheisidore.fr) sera permis, mais pas son
indexation en texte intégral.

Il se peut enfin que certains de vos articles soient publiés dans des
revues qui ne sont pas classées en SHS.

Dans tous ces cas, vous pouvez vous-même déposer vos articles dans une
archive ouverte comme HAL-SHS qui est aussi indexée par
[ISIDORE](https://www.rechercheisidore.fr) ou vous rapprocher de votre
bu/centre de documentation.

nsauret's avatar
nsauret committed
577
Si vous n’êtes dans aucun de ces cas et pensez donc qu’il s’agit d’une
578
579
erreur, vous pouvez nous envoyer un mail à isidore@huma-num.fr.

580
### Pourquoi certains ouvrages/chapitres d’ouvrage ne sont pas signalés dans ISIDORE ?
581

nsauret's avatar
nsauret committed
582
583
ISIDORE sait identifier qu’un document est de type ouvrage, ainsi, il y
a plus de 500000 ouvrages et chapitres d’ouvrages signalés dans
584
585
ISIDORE.

nsauret's avatar
nsauret committed
586
587
588
Il faut savoir qu’il existe relativement peu de plateformes d’édition
d’ouvrages en ligne en libre accès. ISIDORE indexe par exemple les
contenus de la principale d’entre elles dans le monde francophone,
589
590
[OpenEdition
Books](https://www.rechercheisidore.fr/search/?collection=10670/3.szxq6s),
nsauret's avatar
nsauret committed
591
592
la plateforme du [Centre pour l’édition électronique
ouverte](http://www.cleo.cnrs.fr) et cela permet d’indexer des livres
593
594
--- au niveau des chapitres, et de les signaler.

nsauret's avatar
nsauret committed
595
Hors du monde francophone, ISIDORE indexe aussi les ouvrages présents sur [Scielo Books](https://www.rechercheisidore.fr/search/?collection=10670/3.7oraz1) (Brésil) et [OApen](https://www.rechercheisidore.fr/search/?collection=10670/3.pwofj8) (Pays-Bas).
596
597

Par ailleurs, vous pouvez, en accord avec votre éditeur, déposer votre
nsauret's avatar
nsauret committed
598
ouvrage ou chapitres d’ouvrages dans l’archive ouverte
599
[HAL-SHS](https://halshs.archives-ouvertes.fr). Il sera alors indexé par
nsauret's avatar
nsauret committed
600
ISIDORE dans le cadre de l’indexation de HAL-SHS.
601

nsauret's avatar
nsauret committed
602
Si votre ouvrage est disponible sur l’une de ces plateformes et que
603
604
605
vous ne le trouvez cependant pas sur ISIDORE, vous pouvez nous le
signaler ici via le formulaire de
[contact](http://documentation.huma-num.fr/index.php?action=contact).