isidore.md 39.1 KB
Newer Older
1
# ISIDORE
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
2

3
## Qu’est-ce qu’ISIDORE ?
4

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
5
ISIDORE est un moteur de recherche permettant de trouver des publications, des données numériques et profils de chercheur·e·s en sciences humaines et sociales venant du monde entier.
6

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
7
8
Il permet de rechercher dans plusieurs millions de documents (articles, thèses et mémoires, rapports, jeux de données, pages Web, notices de bases de données, fonds d’archives scientifiques, etc.), des signalements évènements (séminaires, colloques, etc.).

9
Il est accessible sur [isidore.science](https://isidore.science).
10

11
Il propose des fonctionnalités de réseau social scientifique. À ce titre, il entre dans la catégorie des moteurs et assistants de recherche et offre de nombreuses fonctionnalités pour organiser sa veille scientifique.
12

13
Lancé le 8 décembre 2010, ISIDORE est le fruit de la collaboration du "très grand équipement" Adonis du CNRS (2007-2013), du Centre pour la communication scientifique directe et des sociétés Antidot, Mondéca et Sword. Il est actuellement développé et exploité par la TGIR Huma-Num.
14

15
Références sur l'histoire d'ISIDORE :
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
16

17
18
19
- Yannick Maignien, "ISIDORE, de l'interconnexion de données à l'intégration de services", Hyper Article en Ligne - Sciences de l'Homme et de la Société, [10670/1.k9lck9](https://isidore.science/document/10670/1.k9lck9)
- Stéphane Pouyllau et al., "Bilan 2011 de la plateforme ISIDORE et perspectives 2012-2015", MoDyCo, Modèles, Dynamiques, Corpus - UMR 7114, [10670/1.bqexsj](https://isidore.science/document/10670/1.bqexsj)
- Philippe Bourdenet, "L'espace documentaire en restructuration : l'évolution des services des bibliothèques universitaires", Le serveur TEL (thèses-en-ligne), [10670/1.lnieuv](https://isidore.science/document/10670/1.lnieuv)
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
20

21
## Comment fonctionne ISIDORE ?
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
22

23
ISIDORE moissonne des métadonnées textuelles et du texte intégral, les enrichis puis les indexe. Il exploite les métadonnées des documents ainsi que le texte intégral, le but est d'analyser ces informations afin de les enrichir, de les relier des concepts des référentiels scientifiques (thésaurus, etc.), de les relier aux identifiants des auteurs (ORCID, IDRef, IDHAL, VIAF, etc.).
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
24
25
26

Plusieurs enrichissements sont effectués :

27
- L'annotation sémantique : les mots présents dans les métadonnées des documents sont comparés aux entrées des référentiels par le biais d'un algorithme fondé sur une analyse morphologique des termes. Si une équivalence s'effectue entre un terme issu du document une entrée de l'un des référentiels, alors la ressource sera reliée à ladite entrée du référentiel. Les référentiels sont multilingues et alignés entre eux. Ainsi, l'annotation sémantique est multilingue.
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
28
29
30
31
32
33
34

- La catégorisation disciplinaire : ISIDORE utilise un classifieur sémantique qui, après avoir été entrainé sur un corpus de référence, catégorise dans les disciplines SHS du référentiel MORESS, tous les documents présents dans ISIDORE. L'entrainement du classifieur est réalisé à l'aide de la catégorisation manuelle réalisé par les chercheurs dans HAL lors du dépôt de leurs publications.

- La détection des auteurs : ISIDORE détecte les auteurs des documents et enrichit la forme auteur (prénom et nom) à l'aide d'identifiants auteurs internationaux (ORCID, VIAF, ISNI) et nationaux (IDHAL, IDRef).

ISIDORE indexe, dans son moteur de recherche :

35
- Les métadonnées des documents
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
36
37
38
39
40
- Le texte intégral (s'il est disponible en libre accès)
- les annotations sémantiques
- la classication disciplinaire
- l'enrichissement et la normalisation des auteurs

41
Plus d'information est disponible sur [la page "Référentiels"](https://isidore.science/vocabularies) d'ISIDORE.
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
42

43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
### ISIDORE peut-il indexer des documents et données multilingues ?

Oui. Depuis 2015, les documents et jeux de données en anglais, espagnol
et français sont indexés, enrichis et reliés aux référentiels scientifiques par ISIDORE (métadonnées et texte intéral). Pour le texte intéral hors de ces trois langues, il est indexé dans la langue du document mais l'enrichissement n'a pas lieu.
Pour plus d’information, vous pouvez consulter notre billet sur le sujet : [Isidore speaks English, sino también español et toujours en français](https://humanum.hypotheses.org/921).

### Quelle est la fréquence de mise à jour d’ISIDORE ?

ISIDORE est mis à jour, de façon incrémentale, en moyenne une fois par
mois. Pourquoi ce délai ? En plus de moissonner et d’indexer les
documents, ISIDORE les enrichit à l’aide de concepts issus de
référentiels scientifiques (thésaurus, taxonomie, etc.). Ce travail d’enrichissement sémantique est
automatique et permet de vous proposer des suggestions de lecture. Il
s’agit de vous faire découvrir des documents autres que ceux que vous
cherchiez. Cela nécessite un certain temps de traitement et de calcul.
Les mises à jour des documents vous concernant, qui vous seront ainsi
proposés dans votre compte utilisateur comme des documents à
revendiquer, suivront elles aussi ce rythme mensuel de mise à jour.

62
## Comment utiliser ISIDORE ?
63

nsauret's avatar
nsauret committed
64
ISIDORE propose plusieurs outils pour rechercher, découvrir, collecter et organiser les contenus qu’il indexe :
65

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
66
67
68
### Le portail isidore.science

Le portail [isidore.science](https://isidore.science) est un site Web en trois langues qui propose un [moteur de recherche par pertinence](https://isidore.science) qui peut être utilisé avec plusieurs méthodes d’interrogation.
69

nsauret's avatar
nsauret committed
70
-   Par défaut, ISIDORE cherche tous les mots d’une requête posée par
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
71
72
    l’utilisateur/utilisatrice en enlevant les mots vides ("de", "la", "le",
    "les", etc.) ;
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
-   Il est possible de chercher un document avec une phrase complète ou
    un groupe de mots en utilisant les guillemets autour de la phrase,
    par exemple : "direction de conscience" cherchera précisément
    cette phrase. Ainsi, dans ce cas-là, le "de" ne sera pas considéré
    comme un mot vide ;

Plusieurs opérateurs de recherche booléens sont disponibles dans
ISIDORE. À noter que la syntaxe des opérateurs est importante dans
ISIDORE, ils sont toujours en MAJUSCULE (ex. ET ou AND) :

nsauret's avatar
nsauret committed
83
- ET (AND) : l’intersection permet de trouver les termes (ou ensemble
84
85
86
    de termes) communs à la requête. Par exemple : 
    -   conscience ET genre
    -   "guerre froide" ET migrations
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
87
- OU (OR) : la réunion permet de trouver les termes cherchés
nsauret's avatar
nsauret committed
88
    appartenant aux deux ensembles de termes, ou à l’un ou à l’autre.
89
90
    Par exemple : 
    -   "web sémantique" OU "web 3.0"
nsauret's avatar
nsauret committed
91
- SAUF (NOT) : l’exclusion permet de réduire le bruit en excluant des
92
93
    termes. Par exemple :
    -   révolution SAUF Française
nsauret's avatar
nsauret committed
94
- PROCHE(n.) (NEAR(n.)) : l’opérateur PROCHE(n.) (comprendre "proche
95
96
97
98
    de") permet de lier des termes en indiquant une valeur "n." de
    proximité entre ces derniers. Il fonctionne comme un ET avec n.
    mot(s) entre les termes. La valeur "n." indique le nombre de mots
    devant séparer les deux termes recherchés. PROCHE fonctionne aussi
nsauret's avatar
nsauret committed
99
    sans la valeur n. et est dans ce cas-là égal à un PROCHE(10), c’est
100
101
102
103
    à dire 10 mots entre les termes recherchés (espacement standard).
    -   maison PROCHE(4) noblesse : recherche maison et noblesse avec
        une proximité de 4 mots

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
104
105
106
107
108
109
### La recherche avancée

Une recherche avancée est également disponible à l’adresse [https://isidore.science/as](https://isidore.science/as) et également accessible depuis
la première page du [portail](https://isidore.science/as).

### L'espace personnel pour les chercheur·e·s
110

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
111
Isidore.science propose un espace personnel pour les chercheur·e·s permettant :
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
112

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
113
114
115
116
117
- de collecter, de classer, d’organiser les documents trouvés ;
- d’y regrouper l’ensemble de sa production scientifique afin de l’éditorialiser dans une page de profil personnel ;
- d’y suivre les productions de collègues ;
- d’y enregistrer et d'y publier ses requêtes et leurs résultats à des fins de veille ;
- d’y constituer des bibliographies exportables vers Zotero ;
Stephane Pouyllau's avatar
Stephane Pouyllau committed
118

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
### Les API d'isidore.science

Les API d'isidore.science sont disponibles à l'URL [https://api.isidore.science](https://api.isidore.science) par la méthode GET sur HTTP ou HTTPS. 
Elles offrent un service de requêtage des données d'ISIDORE à la fois rapide, précis et fiable avec des fonctionnalités de recherche élaborées (autocomplétion, correction orthographique, recherches multicritères, booléenne et à facettes, tri, agrégation des réponses, ...)

Chaque requête au moteur est soumise au moyen d'une URI pointant vers un service web spécifique. La réponse est un flux au format XML (format par défaut) ou JSON.

La page [API](https://api.isidore.science) d'isidore.science détaille l'ensemble des commandes disponibles pour les API.

### Les métadonnées enrichies pour le *Linked Open Data*

Les métadonnées, ontologies et référentiels d'ISIDORE sont disponibles au sein d'un entrepôt de triplets RDF. Une interface SPARQL permet de l'interoger : 

- Interface d'intérogation SPARQL documentée et présentation du modèle de données d'ISIDORE : https://isidore.science/sqe  
- Interface Vistuoso : https://isidore.science/sparql

135
### Complémentarité entre ISIDORE et Zotero
136

137
#### Utilisation depuis ISIDORE du connecteur Zotero pour alimenter sa base bibliographique
138
139
140

ISIDORE est compatible avec Zotero et permet d’importer les références des documents sur deux niveaux dès lors que l’utilisateur a installé [le connecteur Zotero](https://www.zotero.org/download/) dans son navigateur :

nsauret's avatar
nsauret committed
141
142
- Sur la page listant les résultats d’une recherche,
- Dans la page de visualisation d’un document.
143

144
#### Utilisation depuis Zotero du connecteur de recherche d'ISIDORE
145

146
Zotero (client Linux, MacOS, Windows) permet d’utiliser des moteurs de recherche pour rechercher ou compléter des références bibliographiques directement depuis l’interface de Zotero. Nous proposons ici deux connecteurs ISIDORE pour Zotero permettant d’utiliser ISIDORE à partir de recherche sur les auteurs.
147
148
149
150
151
152

L’ajout d’ISIDORE à Zotero permet :

- De compléter des références à partir d’une recherche sur le nom de l’auteur : c’est le "ISIDORE, aide-moi à trouver ce qu’il/elle a publié."
- De trouver des documents dans lequel l’auteure ou l’auteur est cité : c’est le "ISIDORE, qu’as-tu sur l’auteur/auteure ?"

153
Ces [connecteurs et la documentation d'installation sont disponibles sur le gitlab de la TGIR Huma-Num](https://gitlab.huma-num.fr/spouyllau/ISIDORtero).
154
155
156

### Utilisation des flux RSS

Laurent CAPELLI's avatar
Laurent CAPELLI committed
157
ISIDORE peut proposer ses résultats de recherche sous la forme de flux RSS dans le but d'alimenter des logiciel de veille scientifique (dont Zotero par exemple), des carnets de recherche, etc. Les flux RSS créés dans ISIDORE sont mis à jour, comme l’ensemble des contenus du moteur de recherche, une fois par mois environ lors de la mise à jour générale des contenus d'ISIDORE. Ainsi, il est possible de suivre, depuis Zotero, la mise à jour des documents d’ISIDORE issus des requêtes enregistrées.
158
159
160

Pour cela, il faut demander à ISIDORE --- dans son espace personnel en
mode connecté, le lien vers le flux RSS d’une requête enregistrée en
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
161
allant, une fois dans votre espace personnel, dans "Mes requêtes" :
162

163
![Mon Image](media/isidore.png)
164
165

Pour une requête enregistrée, il faut cliquer sur le pictogramme "Flux
nsauret's avatar
nsauret committed
166
RSS de la requête" disponible à droite ![Mon Image](media/isidore-rss-001.png){: style="width:170px"} et d’en copier le lien avec ![Mon Image](media/isidore-requeteRSS.png){: style="width:120px"}.
167

nsauret's avatar
nsauret committed
168
Le lien copié est de la forme : `https://isidore.science/feed/lt3913`.
169
170
171
172
173

Si votre navigateur est équipé d’un module de lecture des flux RSS, il
sera possible d’utiliser ce lien directement dans votre navigateur.
Dans notre exemple, Nous allons l’utiliser dans Zotero.

nsauret's avatar
nsauret committed
174
Dans Zotero, il faut choisir : Nouveau flux > À partir de l’URI :
175

nsauret's avatar
nsauret committed
176
![Mon Image](media/zot-001.png){: style="width:60%;margin-left:20%"}
177
178
179
180
181
182

Puis d’ajouter l’url du flux fournit par ISIDORE (avec le navigateur
Safari sous MacOS prendre soin de retirer la mention "feed:" de
l’url). Venir ensuite le coller dans "URL" de la fenêtre de création
de flux RSS de Zotero, exemple ci-dessous :

183
![Mon Image](media/zot-002.png)
184
185
186
187

Il faut ensuite donner un titre à son flux, par exemple :
"isidore.science - veille sur ...".

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
188
189
## Que trouve-t-on dans ISIDORE ?

190
191
### Organisation des documents et données dans ISIDORE

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
192
193
194
195
196
197
198
199
ISIDORE contient plusieurs millions de documents en SHS qui moissonnés, enrichis avec des référentiels scientifiques et indexés. Ils sont organisés en :

- Documents et données de la recherche (fonds d'archives, matériaux bruts, photographies, films, jeux de données, statistiques, etc) et sont identifiés dans l'ontologie d'ISIDORE par : http://isidore.science/class/primaires
- Documents et données publiées (articles, livres, mémoires et thèses, rapports, etc.) et sont identifiés dans l'ontologie d'ISIDORE par : http://isidore.science/class/secondaires
- Evènements scientifiques (colloques, journées d'études, etc.) et sont identifiés dans l'ontologie d'ISIDORE par : http://isidore.science/class/evenementielles


Pour un grand nombre de disciplines des SHS, ISIDORE permet de rechercher des documents venant des principales plateformes de publications du monde entier, ainsi qu’un grand nombre des fonds numérisés par les bibliothèques nationales, universitaires et
200
municipales.
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
201
202
203
Pour des usages poussés de recherche, la [recherche avancée d’ISIDORE](https://isidore.science/as) offre par exemple, la
possibilité de rechercher des documents entre deux dates et par discipline ou encore par collections.

204
Les principales plateformes de publications (revues et livres) présentes dans ISIDORE sont :
nsauret's avatar
nsauret committed
205

Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
206
207
208
209
210
211
212
213
- OpenEdition
- Cairn
- Persée
- Erudit
- Oapen
- Redalyc
- Scielo Books

214
La liste complète des collections contenant des publications peut être obtenu en requêtant [le 3store d'ISIDORE](https://isidore.science/sqe) avec la SPARQL [suivante](https://isidore.science/sparql?query=SELECT+*+WHERE+%7B%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2FCollection%3E.%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2Fpublications%3E.%0D%0A%3Fs+dcterms%3Atitle+%3Ftitre%0D%0A%7D+ORDER+BY+ASC%28%3Ftitre%29&format=text%2Fhtml&debug=on&timeout=0) :
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
215
216
217

```
SELECT * WHERE {
218
219
220
 ?s rdf:type <http://isidore.science/class/Collection>.
 ?s rdf:type <http://isidore.science/class/publications>.
 ?s dcterms:title ?titre
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
221
222
223
} ORDER BY ASC(?titre)
```
Les principales bibliothèques numériques (municipales, nationales, etc.) présentes dans ISIDORE sont :
nsauret's avatar
nsauret committed
224

225
- Gallica
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
- Sélène
- E-rara
- NuBIS
- Octaviana
- Burgerbibliothek
- Berkeley Library Digital Collections
- Argonnaute
- BNE
- Cornell
- Didόmena

237
La liste complète des collections contenant des fonds d'archives et collections de livre peut être obtenu en requêtant [le 3store d'ISIDORE](https://isidore.science/sqe) avec la SPARQL [suivante](https://isidore.science/sparql/?default-graph-uri=&query=SELECT+*+WHERE+%7B%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2FCollection%3E.%0D%0A%3Fs+rdf%3Atype+%3Chttp%3A%2F%2Fisidore.science%2Fclass%2Fprimaires%3E.%0D%0A%3Fs+dcterms%3Atitle+%3Ftitre%0D%0A%7D+ORDER+BY+ASC%28%3Ftitre%29&format=text%2Fhtml&timeout=0&debug=on) :
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
238
239
240

```
SELECT * WHERE {
241
242
243
 ?s rdf:type <http://isidore.science/class/Collection>.
 ?s rdf:type <http://isidore.science/class/primaires>.
 ?s dcterms:title ?titre
Stéphane Pouyllau's avatar
Stéphane Pouyllau committed
244
245
} ORDER BY ASC(?titre)
```
246

247
### Interopérabilité d'ISIDORE les principales plateformes de données en SHS
248

249
250
ISIDORE moissonne et indexe de nombreuses plateformes de données en SHS permettant aux chercheurs de regrouper dans leur profil d'utilisateur l'ensemble de leurs données.

251
#### Les données déposées et documentées dans NAKALA peuvent-elles être référencées par ISIDORE ?
252

253
Oui, les données déposés et documentées dans NAKALA peuvent être
254
255
accessibles dans ISIDORE. NAKALA propose en standard le protocole d'interopérabilité [OAI-PMH](https://fr.wikipedia.org/wiki/Open_Archives_Initiative_Protocol_for_Metadata_Harvesting) qui permet de moissonner, c'est le terme consacré, les métadonnées des documents, et donc
de les référencer, enrichir et indexer par ISIDORE.
256

257
258
Le référencement par moissonnage OAI-PMH n’est cependant pas
automatique pour le moment, notamment pour permettre aux utilisateurs de préparer et d'organiser leurs
259
données et métadonnées. Pour être référencé, il suffit de demander par e-mail à être indexé ISIDORE via <isidore-sources@huma-num.fr>.
260

261
#### Comment des images scientifiques déposées dans l’archive ouverte MédiHAL seront-elles accessibles dans ISIDORE ?
262

263
Tous les fichiers (illustrations, photographies, audio et vidéo) déposés et documentés dans l’archive ouverte MédiHAL sont automatiquement référencés dans ISIDORE et indexés au niveau de leurs métadonnées. Tous ces documents et leurs notices sont donc accessibles à travers les différentes interfaces d’interrogation d’ISIDORE.
264

265
#### Les fichiers et documents déposés dans Zenodo peuvent-ils être référencés par ISIDORE ?
266

267
268
269
Oui, il est possible pour ISIDORE de référencer les fichiers et
documents déposés et documentés sur la plateforme
[Zenodo](https://zenodo.org).
270

271
272
Le référencement repose sur le principe du moissonnage OAI-PMH sur un
ensemble de fichiers et données (et donc leurs métadonnées) correspondant à un ou
273
des identifiant(s) correspondants aux identifiants des "communities" dans Zenodo (voir https://developers.zenodo.org/#sets).
274
275
276
277
Nous pouvons aussi regrouper plusieurs identifiants Zenodo dans une même
collection ISIDORE permettant ainsi aux déposants de plusieurs corpus
déposés dans Zenodo de les regrouper dans ISIDORE pour leur donner plus
de visibilité.
278

279
280
281
Pour ajouter dans ISIDORE vos dépôts Zenodo, [merci de nous envoyer
l’URL
OAI-PMH](mailto:isidore-sources@huma-num.fr?subject=%22Je%20souhaiterai%20faire%20moissonner%20mes%20dépôts%20Zenodo%22)
282
283
284
285
286
287
288
289
290
de votre dépôt (voir <https://developers.zenodo.org/#oai-pmh>).

#### Les données déposées dans l'entrepôt Didómena peuvent-elles être référencées par ISIDORE ?

Oui, [Didómena](https://didomena.ehess.fr) (l'entrepôt de données de la recherche de l'EHESS) propose une interopérabilité en OAI-PMH. Attention, le moissonnage n'est pas automatique. Pour être référencé au niveau de votre collection, merci de nous communiquer le point d'accès OAI-PMH via <isidore-sources@huma-num.fr>.

#### Les données déposées dans l'entrepôt Dataverse Data.sciencespo peuvent-elles être référencées par ISIDORE ?

Oui, les données déposées et documentées dans [le dataverse Data.sciencespo.fr](https://data.sciencespo.fr) propose une interopérabilité en OAI-PMH. Il est moissonné automatiquement par ISIDORE.
291

292
#### Les données déposées dans la plateforme COCOON peuvent-elles être référencées par ISIDORE ?
293

294
Oui, les données déposées et documentées dans [la plateforme COCOON](https://cocoon.huma-num.fr) propose une interopérabilité en OAI-PMH. Cette plateforme est moissonnée automatiquement par ISIDORE.
295
296


297
## Comment faire pour que des données soient référencées par ISIDORE ?
298

299
Il y a plusieurs façon de faire référencer des données et documents par
300
301
302
303
304
ISIDORE :

-   Proposer ses données via un flux XML de métadonnées normalisées et
    utilisant le protocole OAI-PMH associé à des métadonnées au format
    Dublin core. Cette méthode est adaptée pour les bases de données
nsauret's avatar
nsauret committed
305
306
    documentaires, les corpus, les fonds d’archives scientifiques et les
    bibliothèques de documents/données. A titre d’exemple, un outil tel
307
308
309
310
311
    que Omeka propose OAI-PMH via un module (voir
<http://info.omeka.net/build-a-website/manage-plugins/oai-pmh-repository/>).
-   Proposer ses données via [un flux sitemap XML pointant vers des
    pages web contenant des métadonnées
    RDFa](https://documentation.huma-num.fr/index.php?solution_id=1035).
312
    Cette méthode est adaptée aux sites web de programme de recherche présentant des corpus de documents ou de données, blogs scientifique (hors Hypotheses.org), et pages Web en général.
313

314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
Ces deux méthodes sont par ailleurs souvent implémentées par des outils de publication de données (CMS, etc.) :

### Un site web utilisant Drupal peut-il être référencé par ISIDORE ?

Oui, il est possible de faire indexer par ISIDORE des pages web générées
par le CMS Drupal. Il y a deux façons de faire, suivant la nature des
contenus de vos pages :

-   Soit via le protocole OAI-PMH et dans ce cas il existe  plusieurs
    modules pour Drupal, voir sur
    [https://www.drupal.org/search/site/OAI-PMH](https://www.drupal.org/search/site/OAI-PMH?f%5B0%5D=ss_meta_type%3Amodule "OAI-PMH pour Drupal").
-   Soit via l’utilisation d’une structure de métadonnées en Dublin
    Core dans les pages web générées par Drupal utilisant RDFa et un
    sitemap.xml. Un article dédié à cette façon de procéder est
    disponible à l’adresse ci-dessus.

### Un site web utilisant Omeka Classic et Omeka-S peuvent-il être référencé par ISIDORE ?

Oui, Omeka *Classic* et Omeka S proposent des modules permettant d'exposer les métadonnées selon le protocole OAI-PMH :

- Module pour [Omeka S](https://omeka.org/s/modules/OaiPmhRepository/)
- Module pour [Omeka Classic](https://omeka.org/classic/docs/Plugins/OaiPmhRepository/)


338
### Comment signaler ses données dans ISIDORE avec des métadonnées et le protocole OAI-PMH ?
339
340
341
342
343
344

Pour signaler ses données dans ISIDORE en utilisant le protocole
OAI-PMH, il suffit :

-   De préparer ses données et ses métadonnées en utilisant le
    vocabulaire documentaire Dublin Core Element Set ou le Dublin Core
nsauret's avatar
nsauret committed
345
    Terms, suivant le niveau de précision que l’on souhaite et de les
346
    rendre accessibles via le protocole OAI-PMH
347
-   D’organiser et de documenter les *Sets* de son entrepôt OAI-PMH
nsauret's avatar
nsauret committed
348
-   De signaler à <isidore-sources@huma-num.fr> l’adresse de son
349
350
    entrepôt à Huma-Num

351
#### Les ensembles de document en OAI-PMH : les *Sets*
352

353
354
355
356
Le protocole OAI-PMH permet, par la création de *Sets*, de rassembler en un
ensemble cohérent des notices dont le périmètre fait sens sur le plan scientifique ou éditorial et qui est laissé à la libre appréciation du producteur des données.

Il permet aussi de définir une hiérarchie dans les *Sets* avec un mécanisme d’héritage en précisant
357
dans le nom du set le nom du ou des *Sets* parents et du *Set* enfant
nsauret's avatar
nsauret committed
358
séparé par le caractère `:`. ISIDORE est en capacité d’utiliser ces
359
*Sets* pour limiter le moissonnage à un ensemble de notices ou pour
nsauret's avatar
nsauret committed
360
différencier différentes sources de données au sein d’un même entrepôt.
361
362
Le producteur devra donc préciser les modalités de moissonnage qui lui
paraissent les plus appropriées afin de valoriser au mieux ses
363
364
ressources au sein d’ISIDORE. Pour cela, il indiquera le ou les *Sets*
concernés ou une règle permettant de distinguer les *Sets* à prendre en
365
366
compte.

367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
Les *Sets* peuvent présenter des métadonnées, en Dublin Core Element Set, qui leurs sont propres. Par exemple :

```xml
<set>
 <setSpec>OuvColl</setSpec>
 <setName>Ouvrages</setName>
 <setDescription>
  <oai_dc:dc xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd">
   <dc:description>Ouvrages de recherche diffusés sur Cairn.info</dc:description>
  </oai_dc:dc>
 </setDescription>
</set>
```

#### Les notices en OAI-PMH ou *Records* :
382

383
384
Dans le cadre d’ISIDORE, chaque "record" OAI-PMH correspond à un document.
Le moissonneur d’ISIDORE exploite ainsi les métadonnées décrites selon le
nsauret's avatar
nsauret committed
385
profil d’applications défini par l’Open Archive Initiative pour le
386
387
Dublin Core Element Set (connu aussi Dublin Core "simple"). De
surcroît, le moissonneur collecte également le ou les documents en texte
nsauret's avatar
nsauret committed
388
389
intégral dont les URL (débutant par `https://` ou `http://`) sont indiquées
dans l’élément `<dc:identifier>`
390

391
Nous recommandons aux producteurs de données de proposer des record les
392
plus riches possible en métadonnées. En effet, la pertinence dans
393
394
395
ISIDORE favorise les métadonnées les plus riches possibles. Des champs
tel que :

nsauret's avatar
nsauret committed
396
```xml
397
398
399
400
401
402
403
<dcterms:description>
<dcterms:creator>
<dcterms:date>
```

sont indispensables.

404
##### Exemple d’une notice complète selon le protocole OAI-PMH :
405

nsauret's avatar
nsauret committed
406
```xml
407
<record>
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
 <header>
  <identifier>oai:halshs.archives-ouvertes.fr:halshs-00514304</identifier>
  <datestamp>2010-09-02T11:06:50Z</datestamp>
  <setSpec>halshs</setSpec>
  <setSpec>SHS:ECO</setSpec>
  <setSpec>SDV:BIO</setSpec>
  <setSpec>INFO:INFO_BT</setSpec>
  <setSpec>SDV:SA:AEP</setSpec>
  <setSpec>SDV:SA:STA</setSpec>
  <setSpec>CIRAD</setSpec>
  <setSpec>SHS</setSpec>
 </header>
 <metadata>
  <oai_dc:dc xsi:schemaLocation=”http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc.xsd”>
  <dc:identifier>http://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00514304/en/ </dc:identifier>
  <dc:identifier>http://halshs.archives-ouvertes.fr/docs/00/51/43/98/PDF/Regulation_GMO_pprint.pdf</dc:identifier>
  <dc:identifier>http://halshs.archives-ouvertes.fr/docs/00/51/43/98/PDF/ppt_nocmt_broader_regulation.pdf </dc:identifier>
  <dc:title>Broadening the scope of regulation: a prerequisite for a positive contribution of transgenic crop useto sustainable development</dc:title>
  <dc:creator>Fok, Michel</dc:creator>
  <dc:subject>[SHS:ECO] Humanities and Social Sciences/Economy and finances </dc:subject>
  <dc:subject>[SDV:BIO] Life Sciences/Biotechnology</dc:subject>
  <dc:subject>[INFO:INFO_BT] Computer Science/Biotechnology</dc:subject>
  <dc:subject>[SDV:SA:AEP] Life Sciences/Agricultural sciences/Agriculture, economy and politics </dc:subject>
  <dc:subject>[SDV:SA:STA] Life Sciences/Agricultural sciences/Sciences and technics of agriculture</dc:subject>
  <dc:subject>regulation</dc:subject>
  <dc:subject>coordination</dc:subject>
  <dc:subject>GMO</dc:subject>
  <dc:subject>biotechnology</dc:subject>
  <dc:subject>seed price</dc:subject>
  <dc:subject>research</dc:subject>
  <dc:subject>weed resistance</dc:subject>
  <dc:subject>pest complex shift</dc:subject>
  <dc:description>Ex-ante regulation of transgenic crop use generally prevails, before the authorization of commercial release.This kind of regulation addresses the concerns of biosafety and coexistence, under pressure of pros and/or cons of GMO. After fifteen years of large scale use of transgenic crops (notablysoybean and cotton) in various countries (USA, China, Brasil, India...), ecological and economic phenomena are observed and which could threaten the sustainable use of transgenic varieties. I advocate that the regulation scope must be extended so as to a) promote a systemic and coordinatedapproach of transgenic crop use, b) ensure seed purity with regard to the transgenic trait, c) maintain research on non-transgenic varieties, and d) warrant fair pricing of transgenic seeds.</dc:description>
  <dc:coverage>Montpellier</dc:coverage>
  <dc:coverage>France</dc:coverage>
  <dc:date>2010-08-29</dc:date>
  <dc:language>English</dc:language>
  <dc:type>proceeding with peer review</dc:type>
  <dc:source>Proceedings of Agro2010, the XIth ESA Congress</dc:source>
  <dc:source>Agro2010, the XIth ESA Congress</dc:source>
 </oai_dc:dc>
449
450
451
452
453
454
</metadata>
</record>
```

En plus de cette description en *Dublin Core Element Set*, chaque
enregistrement peut être décrit suivant un ou plusieurs formats de
nsauret's avatar
nsauret committed
455
métadonnées dont le choix est laissé à l’appréciation de
456
457
458
l’administrateur de l’entrepôt OAI-PMH.

Le moissonneur d’ISIDORE est en capacité d’exploiter le format *Dublin Core Terms* et tous schémas XML permettant
nsauret's avatar
nsauret committed
459
l’exposition du texte intégral (dont la TEI ou l’EAD) améliorant ainsi
460
461
son indexation. Le producteur de données devra veiller à respecter
scrupuleusement les spécifications du protocole OAI-PMH dans sa version
462
463
464
465
466
2.0 en particulier sur :

- Le respect strict des valeurs de "datestamp" dans les *records* afin de synchroniser au mieux les mise à jour entre le producteur et ISIDORE ;
- La bonne gestion des données supprimées ([détail sur la documentation du protocole OAI-PMH](http://www.openarchives.org/OAI/openarchivesprotocol.html#DeletedRecords)) ;
- Dans le cadre d'entrepôt de données d'éditeurs ou de taille importante, l'accès à son entrepôt OAI-PMH par les adresses IPs des moissonneurs OAI-PMH d’ISIDORE (signalement du moissonnage par ISIDORE auprès de sa DSI).
467
468

Nous conseillons aux producteurs de valider régulièrement la conformité
nsauret's avatar
nsauret committed
469
de leur entrepôt grâce, par exemple, aux [outils de l’Open archive
470
initiative](https://www.openarchives.org/pmh/tools/). Enfin, nous conseillons aux producteurs de données de contacter l'équipe d'Huma-Num pour toutes demandes d'informations.
471

472
### Comment signaler ses données dans ISIDORE avec des métadonnées RDFa ?
473

474
475
476
Le RDFa permet d'exprimer une structure de métadonnées selon les principe du Web sémantique (RDF pour *Resource Description Framework*) dans le code HTML de pages Web. Le "a" de RDFa veut dire "in
attributes", c'est à dire au sein du code HTML).

nsauret's avatar
nsauret committed
477
Comment exprimer des métadonnées d’une page web très simplement en
478
479
utilisant la [syntaxe
RDFa](http://tcuvelier.developpez.com/tutoriels/web-semantique/rdfa/introduction/)
480
? Par exemple, dans un billet de blog publié avec WordPress. S’il
481
482
peut exister des [plugins pour faire
cela](http://wordpress.org/extend/plugins/search.php?q=RDFa),
nsauret's avatar
nsauret committed
483
l’obsolescence de ces derniers peut rendre difficile leur maintien dans
484
le temps. Une autre solution consiste à implémenter RDFa dans le code
nsauret's avatar
nsauret committed
485
486
HTML du thème WordPress que l’on a choisi. Pour ce que cela soit facile
et gérable dans le temps, le plus simple est d’utiliser l’entête HTML
487
`<head>` afin d’y placer des balises `<meta>` qui contiendront quelques métadonnées.
488
489

Exprimer des métadonnées selon le modèle RDF via la syntaxe RDFa permet
490
à des machines (principalement des moteurs de recherche et des indexeurs) de mieux traiter l’information car elle devient plus explicite : pour une machine, une chaîne de caractère peut être un titre ou un résumé, si vous ne lui dites pas que c’est un titre ou que c’est un résumé elle
nsauret's avatar
nsauret committed
491
ne le devinera pas. A minima, il est donc possible d’utiliser les
nsauret's avatar
nsauret committed
492
balises `<meta>` pour définir une structure RDF offrant la possibilité
493
de structurer les métadonnées minimales par exemple avec le vocabulaire
494
documentaire Dublin Core Element Set.
495

496
#### Comment faire pratiquement ?
497

nsauret's avatar
nsauret committed
498
En premier, il faut indiquer dans le DOCTYPE de la page web, qu’elle va
499
500
501
contenir des informations qui vont utiliser le modèle RDF, ainsi, le
DOCTYPE sera :

nsauret's avatar
nsauret committed
502
```xml
503
504
505
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML+RDFa 1.0//EN" "http://www.w3.org/MarkUp/DTD/xhtml-rdfa-1.dtd">
```

506
507
Dans la balise `<html>`, doivent être présente les adresses des
ontologie documentaires (via leurs *NameSpace XML*) qui servent
508
à "typer" les informations. RDFa — qui place des métadonnées dans le Web sémantique, nécessite à minima de faire appel aux ontologies RDF et RDF Schema et au Dublin Core Element Set (dc). Il est possible d'utiliser en plus — afin d'affiner les métadonnées, le Dublin Core Terms (dcterms) :
509

nsauret's avatar
nsauret committed
510
```xml
511
512
513
514
<html xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
515
516
517
xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/">
```

518
519
Il est possible, pour encoder plus d’information, d’utiliser plus
d'ontologies documentaires :
520

nsauret's avatar
nsauret committed
521
```xml
522
523
524
525
526
527
528
529
<html
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
xmlns:dcterms="http://purl.org/dc/terms/"
xmlns:skos="http://www.w3.org/2004/02/skos/core#"
xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
530
531
532
xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#">
```

533
Dans l'exemple ci-dessus, [foaf](http://www.foaf-project.org/) sert à encoder des informations relatives à une personne ou un objet décrit par les métadonnées. L'ontologie [CC](http://creativecommons.org) permet de signaler quelle licence, issues des *Creative Commons*, s’appliquerait à ce contenu.
534
535

La structure RDFa au travers de balises
nsauret's avatar
nsauret committed
536
537
`<meta>` dans l’en-tête `<head>` de la page HTML. Dans un premier
temps, à l’aide d’une balise `<link>`, nous allons définir l’objet
538
539
numérique auquel les informations encodées en RDF seront rattachées :

nsauret's avatar
nsauret committed
540
```xml
541
542
543
544
<link rel="dc:identifier" href="http://monblog.com/monbillet.html" />
```

Cette balise définit donc un conteneur pour les informations que nous
nsauret's avatar
nsauret committed
545
allons indiquer à l’aide des balises `<meta>`. Ce conteneur est
nsauret's avatar
nsauret committed
546
identifié par une URI qui se trouve être une URL, c’est à dire
547
548
l’adresse de la page dans le web.

549

550
Les balises `<meta>` définissent ensuite un ensemble de métadonnées, c’est à dire dans notre cas, des informations descriptives de la page web du billet du blog :
551

552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
```xml
<meta property="dc:title" content="Le titre de mon billet" />
<meta property="dc:creator" content="Prénom Nom de l'auteur 1" />
<meta property="dc:creator" content="Prénom Nom de l'auteur 2" />
<meta property="dcterms:created" content="2011-01-27" />
<meta property="dcterms:abstract" content="Un résumé descriptif du contenu de ma page" xml:lang="fr" />
<meta property="dcterms:abstract" content="A summary in english" xml:lang="en" />
<meta property="dc:subject" content="mot-clé 3" />
<meta property="dc:subject" content="mot-clé 2" />
<meta property="dc:type" content="billet" />
<meta property="dc:format" content="text/html" />
<meta property="dc:relation" content="Un lien vers une page web complémentaire" />
```

Suivant la nature du contenu de la page web, il est bien sûr possible
nsauret's avatar
nsauret committed
567
568
d’être plus précis, plus fin et plus complet dans les informations
encodées. Par exemple, il sera judicieux d’utiliser le vocabulaire DC
569
570
Terms.

571
572
Le DC Terms permet par exemple d'inclure une forme précise pour une référence bibliographique du contenu :

573

574
575
576
```xml
<meta property="dcterms:bibliographicCitation" content="Mettre ici une référence bibliographique" />
```
577

578
Il serait possible de passer l’ensemble du texte d’une page web à l’aide du vocabulaire SIOC [en utilisant la propriété
nsauret's avatar
nsauret committed
579
`sioc:content`](http://www.lespetitescases.net/rdfaiser-votre-blog-2-la-pratique).
580

581
Il est possible également de relier des pages web entre elles (pour
nsauret's avatar
nsauret committed
582
définir un corpus d’auteurs par exemple) en utilisant dans le
nsauret's avatar
nsauret committed
583
vocabulaire DC Terms la propriété du DC Terms : `dcterms:isPartOf`.
584
585
586
587

```xml
<meta property="dcterms:isPartOf" content="URL d'une autre page Web" />
```
588

nsauret's avatar
nsauret committed
589
Une fois l’encodage RDFa fait dans les pages HTML, il vous reste à créer
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
un fichier XML de type Sitemap listant les pages que vous souhaitez qu’ISIDORE moissonne et soumettre l’URL de ce sitemap :

```xml
<urlset xmlns="http://www.sitemaps.org/schemas/sitemap/0.9">
	<url>
		<loc>http://monsiteweb.com/</loc>
		<lastmod>2018-01-01</lastmod>
		<changefreq>monthly</changefreq>
		<priority>1.0</priority>
	</url>
	<url>
		<loc>http://monsiteweb.com/page1/</loc>
		<lastmod>2018-03-05</lastmod>
		<changefreq>weekly</changefreq>
		<priority>0.5</priority>
  </url>
</urlset>

```
609

nsauret's avatar
nsauret committed
610
Il est possible de tester l’extraction que fera ISIDORE de vos
611
métadonnées RDFa à l’aide de l’application "ISIDORE à la demande"
Laurent CAPELLI's avatar
Laurent CAPELLI committed
612
disponible sur à l'adresse <https://rd.isidore.science/ondemand/fr/rdfa.html>
613

614
## Périmètre d'ISIDORE
615

616
### Pourquoi certains articles ne se retrouvent pas dans ISIDORE ?
617
618
619
620
621
622

Si vous ne retrouvez pas la totalité de votre production scientifique
dans [ISIDORE](https://isidore.science), il peut y avoir plusieurs
explications. Il se peut que vos articles soient publiés dans des revues
qui ne sont pas électroniques ou qui ne rendent pas accessibles leurs
articles même longtemps après leur publication. En effet, depuis sa
623
création, [ISIDORE](https://isidore.science) favorise l’open
nsauret's avatar
nsauret committed
624
access : l’indexation est meilleure pour les articles disponibles en
625
626
accès libre. De nombreuses revues électroniques ont fait ce choix au
travers de portails tels que Open Edition Journal (anciennement
627
Revues.org), Érudit, Persée, et Cairn.info, Redalyc, OApen et les articles de
628
629
630
631
ces revues sont donc collectés et indexés par
[ISIDORE](https://isidore.science).

Il se peut également que vos articles soient publiés en ligne, mais pas
nsauret's avatar
nsauret committed
632
633
634
635
636
637
sur une plateforme d’édition électronique (mais un site web), ou sur une
plateforme d’édition électronique ne permettant pas l’indexation via le
protocole standard (voir la question-réponse sur l’OAI-PMH).

D’autres revues rendent accessibles leurs articles, mais seulement après
une période d’embargo. Dans ce cas,
638
[ISIDORE](https://isidore.science) n’indexe que les métadonnées
nsauret's avatar
nsauret committed
639
de l’article. Si vous vous connectez via votre bibliothèque
640
641
642
643
644
645
646
647
648
universitaire, centre de documentation ou par BibCNRS, il est possible
que vous ayez quand même accès à ces articles.

Il est possible de rechercher dans les collections indexées par
[ISIDORE](https://isidore.science) en utilisant le moteur lui-même et en
indicant que vous souhaitez recherche dans les collections.

Il se peut aussi que votre article soit publié sous forme de PDF image,
dans ce cas seul le référencement par
649
[ISIDORE](https://isidore.science) sera permis, mais pas son
650
651
652
653
654
655
656
indexation en texte intégral.

Il se peut enfin que certains de vos articles soient publiés dans des
revues qui ne sont pas classées en SHS.

Dans tous ces cas, vous pouvez vous-même déposer vos articles dans une
archive ouverte comme HAL-SHS qui est aussi indexée par
657
[ISIDORE](https://isidore.science) ou vous rapprocher de votre
658
659
bu/centre de documentation.

nsauret's avatar
nsauret committed
660
Si vous n’êtes dans aucun de ces cas et pensez donc qu’il s’agit d’une
661
662
erreur, vous pouvez nous envoyer un mail à isidore@huma-num.fr.

663
### Pourquoi certains ouvrages/chapitres d’ouvrage ne sont pas signalés dans ISIDORE ?
664

665
ISIDORE sait identifier qu’un document est de type "ouvrage", ainsi, il y
nsauret's avatar
nsauret committed
666
a plus de 500000 ouvrages et chapitres d’ouvrages signalés dans
667
668
ISIDORE.

nsauret's avatar
nsauret committed
669
Il faut savoir qu’il existe relativement peu de plateformes d’édition
670
671
d’ouvrages en ligne en libre accès. ISIDORE indexe en SHS, par exemple, les
contenus des plateformes d'ouvrage comme :
672

673
674
675
676
677
- [OpenEdition Books](https://isidore.science/search/?collection=10670/3.szxq6s) (au niveau des chapitres, et de les signaler) ;
- [Scielo Books](https://isidore.science/search/?collection=10670/3.7oraz1) (Brésil) ;
- [OApen](https://isidore.science/search/?collection=10670/3.pwofj8) (Pays-Bas) ;
- [Erudit](https://isidore.science/s/collection?q=erudit) (Canada) ;
-
678
679

Par ailleurs, vous pouvez, en accord avec votre éditeur, déposer votre
nsauret's avatar
nsauret committed
680
ouvrage ou chapitres d’ouvrages dans l’archive ouverte
681
[HAL-SHS](https://halshs.archives-ouvertes.fr). Il sera alors indexé par
682
683
684
ISIDORE dans le cadre de l’indexation de HAL-SHS et reconnu comme un chapitre d'ouvrage.

### Pourquoi certaines bases de données ne sont pas signalées dans ISIDORE ?
685

686
Le moissonnage par ISIDORE nécessite une exposition de métadonnées (documentaires, scientifiques, etc.) de façon standardisé et normalisé (soit en OAI-PMH, soir en Sitemap+RDFa, voir ci-dessus). Si vous connaissez des bases de données qui ne sont pas présentes dans ISIDORE, n'hésitez pas à nous les signaler afin que nous puissions voir avec leurs éditeurs/producteurs de données.