From f80fd74fcd149c1b08d0ae43ed9a7fd3b7214241 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?= <alix.chague@inria.fr>
Date: Fri, 8 Mar 2024 15:29:06 +0100
Subject: [PATCH 01/11] modifs in README + adding suggestions

---
 README.md | 54 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++---------
 1 file changed, 45 insertions(+), 9 deletions(-)

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index a5f2ca7..31f3358 100644
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+++ b/README.md
@@ -1,28 +1,64 @@
-Codex palatinus graecus 23 
-===========================
+Codex palatinus graecus 23 - Ground Truth Dataset Medieval Greek Manuscripts
+============================================================================
 
-Ground Truth dataset for the Codex palatinus graecus 23 (Palatine Anthology), byzantine writing from the X^th^ century. 
+![characters badge](badges/characters.svg) ![regions badge](badges/regions.svg) ![lines badge](badges/lines.svg) ![files badge](badges/files.svg) 
+
+<!-- to be completed:
+	[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.123.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.123)
+-->
+
+Dataset of HTR ground truth for the Codex palatinus graecus 23 (Palatine Anthology), byzantine writing from the X^th^ century. 
 
 ## License
 
 This work is licensed under CC BY 4.0. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
 
-## Description
+## Dataset description
+
+This dataset was produced by the Canada Research Chair on Digital Textualities, as part of the [Anthologia graeca project](https://anthologiagraeca.org/). 
+
+A first batch of 50 pages (143-195) were initially transcribed to train a transcription model prototype. We then added 20 pages (196-215) to produce the first version of a transcription model for Greek manuscripts. The transcription of these 70 pages can be found in `data/CPgr23`.
 
-The model was trained from the ground truth produced by the Canada Research Chair on Digital Textualities, as part of the [Anthologia graeca project](https://anthologiagraeca.org/). We focused our ground truth on 50 pages (143-195) and did finetuning on 20 extra pages (196-215). 
+### Transcription guidelines
 
-## Transcription guidelines
+<!-- to be completed -->
+<!-- remember to illustrate! :) -->
 
 To come. 
 
-## Sources 
+
+## Model description
+
+<!-- to be completed -->
+A transcription model for Greek manuscripts was trained using this dataset. It can be found here: {placeholder}.
 
 ## Images
 
-The training has been done with images of the codex palatinus graecus 23 digitized by the Universitätsbibliothek Heidelberg (where the first part of the manuscript is kept -- the second one being in the BNF, as Supplementum graecum 384), and then uploaded to eScriptorium using IIIF. Find the manuscript [here](https://doi.org/10.11588/diglit.3449). 
+This ground truth is based on images of the codex palatinus graecus 23 digitized by the Universitätsbibliothek Heidelberg (where the first part of the manuscript is kept -- the second one being in the BNF, as Supplementum graecum 384), and then uploaded to eScriptorium using IIIF. Find the manuscript [here](https://doi.org/10.11588/diglit.3449). 
 
 ## How to cite 
 
+<!-- copyright related info should go in "Licence"-->
 This dataset was built and is maintained by Maxime Guénette (@mguenette), Mathilde Verstraete (@mverstraete), Alix Chagué (@achague), Marcello Vitali-Rosati (@marviro). The digitization is not copyright-free, but the transcription is. However, properly annotating a corpus takes time and is a task that should be recognized. If you use any item from this corpus of ground truth, cite the dataset using the following information:
 
-- [ ] Ajouter la référence Zenodo. 
\ No newline at end of file
+- [ ] Ajouter la référence Zenodo. 
+
+### Cite the Model
+
+<!-- add Bibtex citation for the model -->
+
+### Cite the Dataset
+
+<!-- add Bibtex citation for the dataset-->
+
+### Cite the Project
+
+<!-- add stuff here if you feel like keep this -->
+
+## Funding
+
+<!-- feel free to complete this section -->
+
+## Infrastructure
+
+This project relied on the [CREMMA](https://cremmacall.sciencescall.org/) infrastructure.
\ No newline at end of file
-- 
GitLab


From e74bae2201ff582c4ac8bdcff474063712cbb942 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?=
 <33317799+alix-tz@users.noreply.github.com>
Date: Fri, 8 Mar 2024 15:31:31 +0100
Subject: [PATCH 02/11] Create LICENSE

---
 LICENSE | 461 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 1 file changed, 461 insertions(+)
 create mode 100644 LICENSE

diff --git a/LICENSE b/LICENSE
new file mode 100644
index 0000000..033df8d
--- /dev/null
+++ b/LICENSE
@@ -0,0 +1,461 @@
+Attribution 4.0 International
+
+=======================================================================
+
+Creative Commons Corporation ("Creative Commons") n'est pas un
+cabinet d'avocats et ne donne ni services ni conseils juridiques. La
+mise à disposition des licences publiques Creative Commons ne crée pas
+de rapport analogue à celui d’un client avec son conseil­ ni aucun
+autre type de relation juridique. Creative Commons propose ses licences
+et les informations qui y sont associées telles quelles, sans aucune
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+conformément aux termes et conditions d’utilisation de ses licences, ou
+à toute autre information afférente. Creative Commons décline
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+
+Utilisation des licences publiques Creative Commons
+
+Les licences publiques Creative Commons proposent des termes et
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+titulaires de droits peuvent utiliser pour partager une Å“uvre originale
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+droits précisés dans la licence publique ci-dessous. Les avertissements
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+
+     Avertissements à l’attention des donneurs de licence : Nos
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+     exception ou d'une limitation du droit d'auteur. Autres
+     avertissements à l’attention des donneurs de licence:
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+
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+     certains autres droits qu'un donneur de licence a le droit
+     d’accorder. L’utilisation de l’œuvre peut néanmoins être restreint
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+     notamment que toute modification soit indiquée ou décrite. Même si
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+Licence publique Creative Commons Attribution 4.0 International
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+International (la « Licence publique »). Dans la mesure où la présente
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+bénéficiez des Droits accordés par la licence en contrepartie de Votre
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+Vous accorde ces droits en contrepartie des avantages que lui procure
+le fait de mettre à disposition l’Œuvre sous licence en vertu des
+présents termes et conditions.
+
+
+Article 1 -- Définitions.
+
+  a. Œuvre dérivée signifie œuvre protégée par les Droit d’auteur et
+     droits connexes, dérivée ou adaptée de l’Œuvre sous licence et
+     dans laquelle l’Œuvre sous licence est traduite, retouchée,
+     arrangée, transformée, ou modifiée de telle façon que
+     l’autorisation du Donneur de licence est nécessaire, conformément
+     aux dispositions des Droit d’auteur et droits connexes. Dans le
+     cas de la présente Licence publique, lorsque l’Œuvre sous licence
+     est une œuvre musicale, une représentation publique ou un
+     enregistrement sonore, la synchronisation de l'Å’uvre sous licence
+     avec une image animée sera considérée comme une Œuvre dérivée aux
+     fins de la présente Licence publique.
+
+  b. Licence d’Œuvre dérivée signifie licence par laquelle Vous
+     accordez Vos Droit d'auteur et droits connexes portant sur Vos
+     contributions à l'Œuvre dérivée, selon les termes et conditions de
+     la présente Licence publique.
+
+  c. Droit d’auteur et droits connexes signifie droit d’auteur et/ou
+     droits connexes incluant, notamment, la représentation, la radio
+     et télédiffusion, l’enregistrement sonore et le Droit sui generis
+     des producteurs de bases de données, quelle que soit la
+     classification ou qualification juridique de ces droits. Dans le
+     cadre de la présente Licence publique, les droits visés
+     à l’Article 2(b)(1)-(2) ne relèvent ni du Droit d’auteur ni de
+     droits connexes.
+
+  d. Mesures techniques efficaces signifie mesures techniques qui, en
+     l’absence d’autorisation expresse, ne peuvent être contournées
+     dans le cadre de lois conformes aux dispositions de l’Article 11
+     du Traité de l’OMPI sur le droit d’auteur adopté le 20 Décembre
+     1996 et/ou d’accords internationaux de même objet.
+
+  e. Exceptions et limitations signifie utilisation loyale et équitable
+     (fair use et fair dealing) et/ou toute autre exception ou
+     limitation applicable à Votre utilisation de l’Œuvre sous licence.
+
+  f. Œuvre sous licence signifie œuvre littéraire ou artistique, base
+     de données ou toute autre œuvre pour laquelle le Donneur de
+     licence a recours à la présente Licence publique.
+
+  g. Droits accordés par la licence signifie droits qui Vous sont
+     accordés selon les termes et conditions d’utilisation définis par
+     la présente Licence publique, limités aux Droit d’auteur et droits
+     connexes applicables à Votre utilisation de l’Œuvre sous licence
+     et que le Donneur de licence a le droit d’accorder.
+
+  h. Donneur de licence signifie un individu ou une entité octroyant la
+     présente Licence publique et les droits accordés par elle.
+
+  i. Partager signifie mettre une œuvre à la disposition du public par
+     tout moyen ou procédé qui requiert l’autorisation découlant des
+     Droits accordés par la licence, tels que les droits de
+     reproduction, de représentation au public, de distribution, de
+     diffusion, de communication ou d’importation, y compris de manière
+     à ce que chacun puisse y avoir accès de l’endroit et au moment
+     qu’il choisit individuellement.
+
+  j. Droit sui generis des producteurs de bases de données signifie
+     droits distincts du droit d'auteur résultant de la Directive
+     96/9/CE du Parlement européen et du Conseil du 11 mars 1996 sur la
+     protection juridique des bases de données, ainsi que tout autre
+     droit de nature équivalente dans le monde.
+
+  k. Vous (preneur de licence) se rapporte à tout individu ou entité
+     exerçant les Droits accordés par la licence. Votre et Vos
+     renvoient également au preneur de licence.
+
+Article 2 - Champ d’application de la présente Licence publique.
+
+  a. Octroi de la licence.
+
+       1. Sous réserve du respect des termes et conditions
+          d'utilisation de la présente Licence publique, le Donneur de
+          licence Vous autorise à exercer pour le monde entier, à titre
+          gratuit, non sous-licenciable, non exclusif, irrévocable, les
+          Droits accordés par la licence afin de :
+
+            a. reproduire et Partager l’Œuvre sous licence, en tout ou
+               partie ; et
+
+            b. produire, reproduire et Partager l’Œuvre dérivée.
+
+       2. Exceptions et limitations. Afin de lever toute ambiguïté,
+          lorsque les Exceptions et limitations s’appliquent à Votre
+          utilisation, la présente Licence publique ne s’applique pas
+          et Vous n’avez pas à Vous conformer à ses termes et
+          conditions.
+
+       3. Durée. La durée de la présente Licence publique est définie à l’Article 6(a).
+
+       4. Supports et formats : modifications techniques autorisées. Le
+          Donneur de licence Vous autorise à exercer les Droits
+          accordés par la licence sur tous les supports et formats
+          connus ou encore inconnus à ce jour, et à apporter toutes les
+          modifications techniques que ceux-ci requièrent. Le Donneur
+          de licence renonce et/ou accepte de ne pas exercer ses droits
+          qui pourraient être susceptibles de Vous empêcher d’apporter
+          les modifications techniques nécessaires pour exercer les
+          Droits accordés par la licence, y compris celles nécessaires
+          au contournement des Mesures techniques efficaces. Dans le
+          cadre de la présente Licence publique, le fait de ne procéder
+          qu’à de simples modifications techniques autorisées selon les
+          termes du présent Article 2(a)(4) n’est jamais de nature
+          à créer une Œuvre dérivée.
+
+       5. Utilisateurs en aval.
+
+            a. Offre du Donneur de licence – Œuvre sous licence. Chaque
+               utilisateur de l’Œuvre sous licence reçoit automatiquement
+               une offre de la part du Donneur de licence lui permettant
+               d’exercer les Droits accordés par la licence selon les
+               termes et conditions de la présente Licence publique.
+
+            b. Offre additionnelle du Donneur de licence – Œuvre
+               dérivée. Chaque utilisateur d’une Œuvre dérivée reçoit
+               automatiquement une offre du Donneur de licence lui
+               permettant d’exercer les Droits accordés par la licence
+               sur l’Œuvre dérivée selon les termes et conditions de la
+               Licence d’Œuvre dérivée que Vous appliquez.
+
+            c. Pas de restrictions en aval pour les utilisateurs
+               suivants. Vous ne pouvez proposer ou imposer des termes
+               et conditions supplémentaires ou différents, ou
+               appliquer quelque Mesure technique efficace que ce soit
+               à l’Œuvre sous licence si ceux(celles)-ci sont de nature
+               à restreindre l’exercice des Droits accordés par la
+               licence aux utilisateurs de l’Œuvre sous licence.
+
+       6. Non approbation. Aucun élément de la présente Licence
+          publique ne peut être interprété comme laissant supposer que
+          le preneur de licence ou que l’utilisation qu’il fait de
+          l’Œuvre sous licence est lié à, parrainé, approuvé, ou doté
+          d'un statut officiel par le Donneur de licence ou par toute
+          autre personne à qui revient l’attribution de l’Œuvre sous
+          licence, comme indiqué à l’Article 3(a)(1)(A)(i).
+
+b. Autres droits.
+
+       1. Les droits moraux, tel que le droit à l’intégrité de l’œuvre, ne
+          sont pas accordés par la présente Licence publique, ni le
+          droit à l’image, ni le droit au respect de la vie privée, ni
+          aucun autre droit de la personnalité ou apparenté
+          ; cependant, dans la mesure du possible, le Donneur de
+          licence renonce et/ou accepte de ne pas faire valoir les
+          droits qu’il détient de manière à Vous permettre d’exercer
+          les Droits accordés par la licence.
+
+       2. Le droit des brevets et le droit des marques ne sont pas
+          concernés par la présente Licence publique.
+
+       3. Dans la mesure du possible, le Donneur de licence renonce au
+          droit de collecter des redevances auprès de Vous pour
+          l’exercice des Droits accordés par la licence, directement ou
+          indirectement dans le cadre d’un régime de gestion collective
+          facultative ou obligatoire assorti de possibilités de
+          renonciation quel que soit le type d’accord ou de licence.
+          Dans tous les autres cas, le Donneur de licence se réserve
+          expressément le droit de collecter de telles redevances.
+
+
+Article 3 – Conditions d'utilisation de la présente Licence publique.
+
+L’exercice des Droits accordés par la licence est expressément soumis
+aux conditions suivantes.
+
+  a. Attribution.
+
+       1. Si Vous partagez l’Œuvre sous licence (y compris sous une
+          forme modifiée), Vous devez :
+
+            a. conserver les informations suivantes lorsqu’elles sont fournies par le Donneur de licence avec l’Œuvre sous licence :
+
+                 i. identification du(des) auteur(s) de l’Œuvre sous
+                    licence et de toute personne à qui revient
+                    l’attribution de l’Œuvre sous licence, dans la
+                    mesure du possible, conformément à la demande du
+                    Donneur de licence (y compris sous la forme d’un
+                    pseudonyme s’il est indiqué) ;
+
+                ii. l’indication de l’existence d’un droit d’auteur ;
+
+               iii. une notice faisant référence à la présente Licence
+                    publique ;
+
+                iv. une notice faisant référence aux limitations de
+                    garantie et exclusions de responsabilité ;
+
+                 v. un URI ou un hyperlien vers l’Œuvre sous licence
+                    dans la mesure du possible ;
+
+            b. Indiquer si Vous avez modifié l’Œuvre sous licence et
+               conserver un suivi des modifications précédentes ; et
+
+            c. Indiquer si l’Œuvre sous licence est mise à disposition
+               en vertu de la présente Licence publique en incluant le
+               texte, l’URI ou l’hyperlien correspondant à la présente
+               Licence publique.
+
+       2. Vous pouvez satisfaire aux conditions de l’Article 3(a)(1)
+          dans toute la mesure du possible, en fonction des supports,
+          moyens et contextes dans lesquels Vous Partagez l’Œuvre sous
+          licence. Par exemple, Vous pouvez satisfaire aux conditions
+          susmentionnées en fournissant l’URI ou l’hyperlien vers la
+          ressource incluant les informations requises.
+
+        3. Bien que requises aux termes de l’Article 3(a)(1)(A),
+           certaines informations devront être retirées, dans la mesure
+           du possible, si le Donneur de licence en fait la demande.
+
+  b. Partage dans les mêmes conditions.
+
+     Outre les conditions indiquées à l’Article 3(a), si Vous Partagez
+     une Œuvre dérivée que Vous avez réalisée, les conditions suivantes
+     s’appliquent aussi.
+
+       1. La Licence d’Œuvre dérivée que Vous appliquez doit être une
+          licence Creative Commons avec les mêmes Eléments de licence,
+          qu’il s’agisse de cette version ou d’une version ultérieure,
+          ou une Licence compatible BY-SA.
+
+       2. Vous devez inclure le texte, l’URI ou l’hyperlien
+          correspondant à la Licence d’Œuvre dérivée que Vous
+          appliquez. Ces conditions peuvent être satisfaites dans la
+          mesure du raisonnable suivant les supports, moyens et
+          contextes via lesquels Vous Partagez l’Œuvre dérivée.
+
+       3. Vous ne pouvez pas proposer ou imposer des termes ou des
+          conditions supplémentaires ou différents ou appliquer des
+          Mesures techniques efficaces à l’Œuvre dérivée qui seraient
+          de nature à restreindre l’exercice des Droits accordés par la
+          Licence d’Œuvre dérivée que Vous appliquez.
+
+
+Article 4 – Le Droit sui generis des producteurs de bases de données.
+
+Lorsque les Droits accordés par la licence incluent le Droit sui
+generis des producteurs de bases de données applicable à Votre
+utilisation de l’Œuvre sous licence :
+
+  a. afin de lever toute ambiguïté, l’Article 2(a)(1) Vous accorde le
+     droit d’extraire, réutiliser, reproduire et Partager la totalité
+     ou une partie substantielle du contenu de la base de données ;
+
+  b. si Vous incluez la totalité ou une partie substantielle du contenu
+     de la base de données dans une base de données pour laquelle Vous
+     détenez un Droit sui generis de producteur de bases de données, la
+     base de données sur laquelle Vous détenez un tel droit (mais pas
+     ses contenus individuels) sera alors considérée comme une Œuvre
+     dérivée, y compris pour l’application de l’Article 3(b) ; et
+
+  c. Vous devez respecter les conditions de l’Article 3(a) si Vous
+     Partagez la totalité ou une partie substantielle du contenu des
+     bases de données.
+
+Afin de lever toute ambiguïté, le présent Article 4 complète mais ne
+remplace pas Vos obligations découlant des termes de la présente
+Licence publique lorsque les Droits accordés par la licence incluent
+d’autres Droit d’auteur et droits connexes.
+
+
+Article 5 – Limitations de garantie et exclusions de responsabilité.
+
+  a. Sauf indication contraire et dans la mesure du possible, le
+     Donneur de licence met à disposition l’Œuvre sous licence telle
+     quelle, et n’offre aucune garantie de quelque sorte que ce soit,
+     notamment expresse, implicite, statutaire ou autre la concernant.
+     Cela inclut, notamment, les garanties liées au titre, à la valeur
+     marchande, à la compatibilité de certaines utilisations
+     particulières, à l’absence de violation, à l’absence de vices
+     cachés ou autres défauts, à l’exactitude, à la présence ou
+     à l’absence d’erreurs connues ou non ou susceptibles d’être
+     découvertes dans l’Œuvre sous licence. Lorsqu’une limitation de
+     garantie n’est pas autorisée en tout ou partie, cette clause peut
+     ne pas Vous être applicable.
+
+  b. Dans la mesure du possible, le Donneur de licence ne saurait voir
+     sa responsabilité engagée vis-à-vis de Vous, quel qu’en soit le
+     fondement juridique (y compris, notamment, la négligence), pour
+     tout préjudice direct, spécial, indirect, incident, conséquentiel,
+     punitif, exemplaire, ou pour toutes pertes, coûts, dépenses ou
+     tout dommage découlant de l’utilisation de la présente Licence
+     publique ou de l’utilisation de l’Œuvre sous licence, même si le
+     Donneur de licence avait connaissance de l’éventualité de telles
+     pertes, coûts, dépenses ou dommages. Lorsqu’une exclusion de
+     responsabilité n’est pas autorisée en tout ou partie, cette clause
+     peut ne pas Vous être applicable.
+
+  c. Les limitations de garantie et exclusions de responsabilité
+     ci-dessus doivent être interprétées, dans la mesure du possible,
+     comme des limitations et renonciations totales de toute
+     responsabilité.
+
+
+Article 6 – Durée et fin.
+
+  a. La présente Licence publique s’applique pendant toute la durée de
+     validité des Droits accordés par la licence. Cependant, si Vous
+     manquez à Vos obligations prévues par la présente Licence
+     publique, Vos droits accordés par la présente Licence publique
+     seront automatiquement révoqués.
+
+  b. Lorsque les Droits accordés par la licence ont été révoqués selon
+     les termes de l’Article 6(a), ils seront rétablis :
+
+       1. automatiquement, à compter du jour où la violation aura
+          cessé, à condition que Vous y remédiiez dans les 30 jours
+          suivant la date à laquelle Vous aurez eu connaissance de la
+          violation ; ou
+
+       2. à condition que le Donneur de licence l’autorise
+          expressément.
+
+     Afin de lever toute ambiguïté, le présent Article 6(b) n’affecte
+     pas le droit du Donneur de licence de demander réparation dans les
+     cas de violation de la présente Licence publique.
+
+  c. Afin de lever toute ambiguïté, le Donneur de licence peut
+     également proposer l’Œuvre sous licence selon d’autres termes et
+     conditions et peut cesser la mise à disposition de l’Œuvre sous
+     licence à tout moment ; une telle cessation n’entraîne pas la fin
+     de la présente Licence publique.
+
+  d. Les Articles 1, 5, 6, 7, et 8 continueront à s’appliquer même
+     après la résiliation de la présente Licence publique.
+
+
+Article 7 – Autres termes et conditions.
+
+  a. Sauf accord exprès, le Donneur de licence n’est lié par aucune
+     modification des termes de Votre part.
+
+  b. Tous arrangements, ententes ou accords relatifs à l’Œuvre sous
+     licence non mentionnés dans la présente Licence publique sont séparés
+     et indépendants des termes et conditions de la présente Licence
+     publique.
+
+
+Article 8 – Interprétation.
+
+  a. Afin de lever toute ambiguïté, la présente Licence publique ne
+     doit en aucun cas être interprétée comme ayant pour effet de
+     réduire, limiter, restreindre ou imposer des conditions plus
+     contraignantes que celles qui sont prévues par les dispositions
+     légales applicables.
+
+  b. Dans la mesure du possible, si une clause de la présente Licence
+     publique est déclarée inapplicable, elle sera automatiquement
+     modifiée a minima afin de la rendre applicable. Dans le cas où la
+     clause ne peut être modifiée, elle sera écartée de la présente
+     Licence publique sans préjudice de l’applicabilité des termes et
+     conditions restants.
+
+  c. Aucun terme ni aucune condition de la présente Licence publique ne
+     sera écarté(e) et aucune violation ne sera admise sans l’accord
+     exprès du Donneur de licence.
+
+  d. Aucun terme ni aucune condition de la présente Licence publique ne
+     constitue ou ne peut être interprété(e) comme une limitation ou
+     une renonciation à un quelconque privilège ou à une immunité
+     s’appliquant au Donneur de licence ou à Vous, y compris lorsque
+     celles-ci émanent d’une procédure légale, quel(le) qu’en soit le
+     système juridique concerné ou l’autorité compétente.
+
+
+=======================================================================
+
+Creative Commons n’est pas partie prenante de ses licences publiques.
+Néanmoins, Creative Commons se réserve le droit d'utiliser une de ses
+licences publiques pour les œuvres qu’elle publie, et dans ce cas sera
+considérée comme « Donneur de licence ». Le texte des licences
+publiques Creative Commons est versé au domaine public en vertu de CC0
+Domaine Public. A l’exception des seuls cas où il est indiqué que
+l’œuvre est mise à disposition sous licence publique Creative Commons
+et ceux autorisés par les statuts de Creative Commons disponibles sur
+creativecommons.org/policies, Creative Commons n’autorise l’utilisation
+par aucune partie de la marque "Creative Commons" ou de toute autre
+marque ou logo de Creative Commons sans le consentement écrit préalable
+de Creative Commons. Cette restriction relative à l'utilisation des
+marques ne constitue pas une partie de nos licences publiques.
+
+Vous pouvez joindre Creative Commons via creativecommons.org.
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From aeb51414645c532278ad0f7311f683460dba9b72 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?= <alix.chague@inria.fr>
Date: Fri, 8 Mar 2024 15:35:23 +0100
Subject: [PATCH 03/11] regrouping github actions specs into one file

---
 .github/workflows/HTRUC.yml        | 23 --------
 .github/workflows/chocomufin.yml   | 24 --------
 .github/workflows/htr-united.yml   | 95 ++++++++++++++++++++++++++++++
 .github/workflows/htrvx.yml        | 23 --------
 .github/workflows/humGenerator.yml | 32 ----------
 5 files changed, 95 insertions(+), 102 deletions(-)
 delete mode 100644 .github/workflows/HTRUC.yml
 delete mode 100644 .github/workflows/chocomufin.yml
 create mode 100644 .github/workflows/htr-united.yml
 delete mode 100644 .github/workflows/htrvx.yml
 delete mode 100644 .github/workflows/humGenerator.yml

diff --git a/.github/workflows/HTRUC.yml b/.github/workflows/HTRUC.yml
deleted file mode 100644
index f25bcb8..0000000
--- a/.github/workflows/HTRUC.yml
+++ /dev/null
@@ -1,23 +0,0 @@
-# This workflow will install Python dependencies, run tests and lint with a single version of Python
-# For more information see: https://help.github.com/actions/language-and-framework-guides/using-python-with-github-actions
-
-name: HTRUC
-
-on: [push, pull_request]
-
-jobs:
-  test:
-    runs-on: ubuntu-latest
-    steps:
-    - uses: actions/checkout@v2
-    - name: Set up Python 3.8
-      uses: actions/setup-python@v2
-      with:
-        python-version: 3.8
-    - name: Install dependencies
-      run: |
-        python -m pip install --upgrade pip
-        pip install htruc
-    - name: Run HTRUC
-      run: |
-        htruc test htr-united.yml
\ No newline at end of file
diff --git a/.github/workflows/chocomufin.yml b/.github/workflows/chocomufin.yml
deleted file mode 100644
index 5594e8f..0000000
--- a/.github/workflows/chocomufin.yml
+++ /dev/null
@@ -1,24 +0,0 @@
-# This workflow will install Python dependencies, run tests and lint with a single version of Python
-# For more information see: https://help.github.com/actions/language-and-framework-guides/using-python-with-github-actions
-
-name: ChocoMufin
-
-on: [push, pull_request]
-
-jobs:
-  test:
-    runs-on: ubuntu-latest
-    steps:
-    - uses: actions/checkout@v2
-    - name: Set up Python 3.8
-      uses: actions/setup-python@v2
-      with:
-        python-version: 3.8
-    - name: Install dependencies
-      run: |
-        python -m pip install --upgrade pip
-        pip install chocomufin==0.0.4
-    - name: Run ChocoMufin
-      run: |
-        chocomufin generate table.csv ./data/**/*.xml
-        cat table.csv
diff --git a/.github/workflows/htr-united.yml b/.github/workflows/htr-united.yml
new file mode 100644
index 0000000..26915fa
--- /dev/null
+++ b/.github/workflows/htr-united.yml
@@ -0,0 +1,95 @@
+
+
+# This file has been generated automatically with HTR-United <3 Github Actions form
+name: HTR United Workflow
+'on':
+  - push
+  - pull_request
+permissions:
+  contents: write
+jobs:
+  HTRUC:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v2
+      - name: Set up Python 3.8
+        uses: actions/setup-python@v2
+        with:
+          python-version: 3.8
+      - name: Install dependencies
+        run: |
+          python -m pip install --upgrade pip
+          pip install htruc
+      - name: Run HTRUC
+        run: |
+          htruc test htr-united.yml
+  HTR_United_Metadata_Generator:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    env:
+      GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v2
+      - name: Set up Python 3.8
+        uses: actions/setup-python@v2
+        with:
+          python-version: 3.8
+      - name: Install dependencies
+        run: |
+          python -m pip install --upgrade pip
+          pip install htr-united-metadata-generator htruc anybadge
+      - name: Run Report
+        run: |
+          humGenerator --chars -n NFD --parse alto --group ./data/**/*.xml --github-envs --to-json updated_metrics.json
+          cat envs.txt >> $GITHUB_ENV
+      - name: Get HTR United Badge Template
+        if: github.ref == 'refs/heads/master'
+        uses: andymckay/get-gist-action@master
+        with:
+          gistURL: https://gist.github.com/PonteIneptique/7813bb99f234b334fbf9c6c429ec2406
+      - name: Automatically update the Catalog & the Badges
+        if: github.ref == 'refs/heads/master'
+        run: |-
+          htruc update-volumes htr-united.yml updated_metrics.json --inplace
+          # Generate badges
+          mkdir -p badges
+          anybadge --value=${{ env.HTRUNITED_CHARS }} --file=badges/characters.svg --label=Characters --color=#007ec6 --overwrite --template=${{ steps.get.outputs.file }}
+          anybadge --value=${{ env.HTRUNITED_REGNS }} --file=badges/regions.svg --label=Regions --color=#007ec6 --overwrite --template=${{ steps.get.outputs.file }}
+          anybadge --value=${{ env.HTRUNITED_LINES }} --file=badges/lines.svg --label=Lines --color=#007ec6 --overwrite --template=${{ steps.get.outputs.file }}
+          anybadge --value=${{ env.HTRUNITED_FILES }} --file=badges/files.svg --label="XML Files" --color=#007ec6 --overwrite --template=${{ steps.get.outputs.file }}
+          git config user.name github-actions
+          git config user.email github-actions@github.com
+          git add htr-united.yml ./badges/
+          git commit -m "[Automatic] Update the Catalog & the Badges" || echo "Nothing to commit"
+          git push || echo "Nothing to push"
+  ChocoMufin:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v2
+      - name: Set up Python 3.8
+        uses: actions/setup-python@v2
+        with:
+          python-version: 3.8
+      - name: Install dependencies
+        run: |
+          python -m pip install --upgrade pip
+          pip install chocomufin
+      - name: Run ChocoMufin
+        run: |
+          chocomufin generate table.csv ./data/**/*.xml
+          cat table.csv
+  HTRVX:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v2
+      - name: Set up Python 3.8
+        uses: actions/setup-python@v2
+        with:
+          python-version: 3.8
+      - name: Install dependencies
+        run: |
+          python -m pip install --upgrade pip
+          pip install htrvx
+      - name: Run HTRVX
+        run: |
+          htrvx --verbose --group --format alto --check-empty --segmonto --xsd ./data/**/*.xml
+
diff --git a/.github/workflows/htrvx.yml b/.github/workflows/htrvx.yml
deleted file mode 100644
index 1a39ece..0000000
--- a/.github/workflows/htrvx.yml
+++ /dev/null
@@ -1,23 +0,0 @@
-# This workflow will install Python dependencies, run tests and lint with a single version of Python
-# For more information see: https://help.github.com/actions/language-and-framework-guides/using-python-with-github-actions
-
-name: htrvx
-
-on: [push, pull_request]
-
-jobs:
-  test:
-    runs-on: ubuntu-latest
-    steps:
-    - uses: actions/checkout@v2
-    - name: Set up Python 3.8
-      uses: actions/setup-python@v2
-      with:
-        python-version: 3.8
-    - name: Install dependencies
-      run: |
-        python -m pip install --upgrade pip
-        pip install htrvx
-    - name: Run HTRVX
-      run: |
-        htrvx --verbose --group --format alto --segmonto --xsd --check-empty ./data/**/*.xml
\ No newline at end of file
diff --git a/.github/workflows/humGenerator.yml b/.github/workflows/humGenerator.yml
deleted file mode 100644
index 70ca90f..0000000
--- a/.github/workflows/humGenerator.yml
+++ /dev/null
@@ -1,32 +0,0 @@
-# This workflow will install Python dependencies, run tests and lint with a single version of Python
-# For more information see: https://help.github.com/actions/language-and-framework-guides/using-python-with-github-actions
-
-name: HTR United Report
-
-on: [push, pull_request]
-
-jobs:
-  test:
-    runs-on: ubuntu-latest
-    steps:
-    - uses: actions/checkout@v2
-    - name: Set up Python 3.8
-      uses: actions/setup-python@v2
-      with:
-        python-version: 3.8
-    - name: Install dependencies
-      run: |
-        python -m pip install --upgrade pip
-        pip install htr-united-metadata-generator htruc
-    - name: Run Report
-      run: |
-        humGenerator --group ./data/**/*.xml --github-envs --to-json updated_metrics.json
-        cat envs.txt >> $GITHUB_ENV
-    - name: Automatically update the catalog's volume key
-      run: |
-        htruc update-volumes htr-united.yml updated_metrics.json --inplace
-        git config user.name github-actions
-        git config user.email github-actions@github.com
-        git add htr-united.yml
-        git commit -m "[Automatic] Update of the Catalog" || echo "Nothing to commit"
-        git push
\ No newline at end of file
-- 
GitLab


From 2290043019f525a2e848997848ac36c760540c14 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: github-actions <github-actions@github.com>
Date: Fri, 8 Mar 2024 14:43:41 +0000
Subject: [PATCH 04/11] [Automatic] Update the Catalog & the Badges

---
 badges/characters.svg |  23 +++++++
 badges/files.svg      |  23 +++++++
 badges/lines.svg      |  23 +++++++
 badges/regions.svg    |  23 +++++++
 htr-united.yml        | 156 ++++++++++++++++++++++++++++--------------
 5 files changed, 196 insertions(+), 52 deletions(-)
 create mode 100644 badges/characters.svg
 create mode 100644 badges/files.svg
 create mode 100644 badges/lines.svg
 create mode 100644 badges/regions.svg

diff --git a/badges/characters.svg b/badges/characters.svg
new file mode 100644
index 0000000..5c415bb
--- /dev/null
+++ b/badges/characters.svg
@@ -0,0 +1,23 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="128" height="20">
+    <linearGradient id="b" x2="0" y2="100%">
+        <stop offset="0" stop-color="#bbb" stop-opacity=".1"/>
+        <stop offset="1" stop-opacity=".1"/>
+    </linearGradient>
+    <mask id="anybadge_1">
+        <rect width="128" height="20" rx="3" fill="#fff"/>
+    </mask>
+    <g mask="url(#anybadge_1)">
+        <path fill="#555" d="M0 0h76v20H0z"/>
+        <path fill="#007ec6" d="M76 0h52v20H76z"/>
+        <path fill="url(#b)" d="M0 0h128v20H0z"/>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="39.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">Characters</text>
+        <text x="38.0" y="14">Characters</text>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="103.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">114289</text>
+        <text x="102.0" y="14">114289</text>
+    </g>
+</svg>
diff --git a/badges/files.svg b/badges/files.svg
new file mode 100644
index 0000000..95d06aa
--- /dev/null
+++ b/badges/files.svg
@@ -0,0 +1,23 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="91" height="20">
+    <linearGradient id="b" x2="0" y2="100%">
+        <stop offset="0" stop-color="#bbb" stop-opacity=".1"/>
+        <stop offset="1" stop-opacity=".1"/>
+    </linearGradient>
+    <mask id="anybadge_1">
+        <rect width="91" height="20" rx="3" fill="#fff"/>
+    </mask>
+    <g mask="url(#anybadge_1)">
+        <path fill="#555" d="M0 0h67v20H0z"/>
+        <path fill="#007ec6" d="M67 0h24v20H67z"/>
+        <path fill="url(#b)" d="M0 0h91v20H0z"/>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="34.5" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">XML Files</text>
+        <text x="33.5" y="14">XML Files</text>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="80.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">71</text>
+        <text x="79.0" y="14">71</text>
+    </g>
+</svg>
diff --git a/badges/lines.svg b/badges/lines.svg
new file mode 100644
index 0000000..06e9670
--- /dev/null
+++ b/badges/lines.svg
@@ -0,0 +1,23 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="80" height="20">
+    <linearGradient id="b" x2="0" y2="100%">
+        <stop offset="0" stop-color="#bbb" stop-opacity=".1"/>
+        <stop offset="1" stop-opacity=".1"/>
+    </linearGradient>
+    <mask id="anybadge_1">
+        <rect width="80" height="20" rx="3" fill="#fff"/>
+    </mask>
+    <g mask="url(#anybadge_1)">
+        <path fill="#555" d="M0 0h42v20H0z"/>
+        <path fill="#007ec6" d="M42 0h38v20H42z"/>
+        <path fill="url(#b)" d="M0 0h80v20H0z"/>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="22.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">Lines</text>
+        <text x="21.0" y="14">Lines</text>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="62.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">3374</text>
+        <text x="61.0" y="14">3374</text>
+    </g>
+</svg>
diff --git a/badges/regions.svg b/badges/regions.svg
new file mode 100644
index 0000000..bce99b5
--- /dev/null
+++ b/badges/regions.svg
@@ -0,0 +1,23 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" width="87" height="20">
+    <linearGradient id="b" x2="0" y2="100%">
+        <stop offset="0" stop-color="#bbb" stop-opacity=".1"/>
+        <stop offset="1" stop-opacity=".1"/>
+    </linearGradient>
+    <mask id="anybadge_1">
+        <rect width="87" height="20" rx="3" fill="#fff"/>
+    </mask>
+    <g mask="url(#anybadge_1)">
+        <path fill="#555" d="M0 0h56v20H0z"/>
+        <path fill="#007ec6" d="M56 0h31v20H56z"/>
+        <path fill="url(#b)" d="M0 0h87v20H0z"/>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="29.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">Regions</text>
+        <text x="28.0" y="14">Regions</text>
+    </g>
+    <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
+        <text x="72.5" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">595</text>
+        <text x="71.5" y="14">595</text>
+    </g>
+</svg>
diff --git a/htr-united.yml b/htr-united.yml
index b5ca7f6..0b3805b 100644
--- a/htr-united.yml
+++ b/htr-united.yml
@@ -1,64 +1,116 @@
-schema: https://htr-united.github.io/schema/2023-06-27/schema.json
-title: HTR_CPgr23
-url: https://gitlab.huma-num.fr/ecrinum/anthologia/htr_cpgr23
 authors:
-  - name: Maxime
-    surname: Guénette
-    orcid: 0009-0006-2076-1220
-    roles:
-      - transcriber
-      - aligner
-      - quality-control
-  - name: Mathilde
-    surname: Verstraete
-    orcid: 0000-0003-1642-8610
-    roles:
-      - transcriber
-      - aligner
-      - quality-control
-  - name: Alix
-    surname: Chagué
-    orcid: 0000-0002-0136-4434
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-      - quality-control
-      - support
-  - name: Marcello
-    surname: Vitali-Rosati
-    orcid: 0000-0001-6424-3229
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-institutions: []
+- name: Maxime
+  orcid: 0009-0006-2076-1220
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+  - transcriber
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+  surname: Vitali-Rosati
+automatically-aligned: false
+characters:
+  members:
+  - α
+  - ι
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+  - ο
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+  - Ì“
+  - Ï…
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+  - κ
+  - λ
+  - η
+  - ̀
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+  - μ
+  - δ
+  - ω
+  - Í‚
+  - θ
+  - γ
+  - Ì”
+  - χ
+  - φ
+  - ':'
+  - á¾½
+  - β
+  - ⋇
+  - ⁛
+  - ξ
+  - '~'
+  - ̈
+  - ζ
+  - ψ
+  - ※
+  - ∻
+  - "'"
+  - ↑
+  - .
+  - x
+  - o
+  mode: NFD
 description: >-
   Ground Truth dataset for the Codex palatinus graecus 23 (Palatine Anthology),
   byzantine writing from the X^th^ century. 
-project-website: https://anthologiagraeca.org/
-language:
-  - grc
-production-software: eScriptorium + Kraken
-automatically-aligned: false
-script:
-  - iso: Grek
-    qualify: byzantine
-script-type: only-manuscript
-time:
-  notBefore: '900'
-  notAfter: '1000'
+format: Alto-XML
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   count: less-than-11
   precision: estimated
+institutions: []
+language:
+- grc
 license:
   name: CC-BY 4.0
   url: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
-format: Alto-XML
+production-software: eScriptorium + Kraken
+project-website: https://anthologiagraeca.org/
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+script:
+- iso: Grek
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+script-type: only-manuscript
 sources:
-  - reference: >-
-      Cod. Pal. graec. 23 (10e s. av., Constantinople).  Universitätsbibliothek
-      Heidelberg, Germany.
-    link: https://doi.org/10.11588/diglit.3449
+- link: https://doi.org/10.11588/diglit.3449
+  reference: >-
+    Cod. Pal. graec. 23 (10e s. av., Constantinople).  Universitätsbibliothek
+    Heidelberg, Germany.
+time:
+  notAfter: '1000'
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+title: HTR_CPgr23
+transcription-guidelines: we do not resolve the abbreviation, except when they are
+  non ambiguous
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 volume:
-  - metric: pages
-    count: 50
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-    count: 2400
-transcription-guidelines: we do not resolve the abbreviation, except when they are non ambiguous
-
+- count: 114289
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+- count: 71
+  metric: files
+- count: 3374
+  metric: lines
+- count: 50
+  metric: pages
+- count: 595
+  metric: regions
-- 
GitLab


From df617d209be2b01f16ce3f9dc284a77206058804 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?= <alix.chague@inria.fr>
Date: Fri, 8 Mar 2024 15:46:52 +0100
Subject: [PATCH 05/11] adding a folder for static images

---
 images/.placeholder | 2 ++
 1 file changed, 2 insertions(+)
 create mode 100644 images/.placeholder

diff --git a/images/.placeholder b/images/.placeholder
new file mode 100644
index 0000000..acee568
--- /dev/null
+++ b/images/.placeholder
@@ -0,0 +1,2 @@
+Add static images here, used to illustrate the README file. For example, image to illustrate the transcription guidelines or to show what the handwriting looks like.
+Remove this placeholder when you don't need it anymore!
\ No newline at end of file
-- 
GitLab


From f6cd0cf87a5dacdd1d95209dbfd318e7a71e9ffa Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?= <alix.chague@inria.fr>
Date: Fri, 8 Mar 2024 15:50:07 +0100
Subject: [PATCH 06/11] changing location of METS file so that it is not
 counted in the dataset and minor changes in the specs of chocomufin

---
 .github/workflows/htr-united.yml | 2 +-
 data/{CPgr23 => }/METS.xml       | 0
 2 files changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)
 rename data/{CPgr23 => }/METS.xml (100%)

diff --git a/.github/workflows/htr-united.yml b/.github/workflows/htr-united.yml
index 26915fa..8232146 100644
--- a/.github/workflows/htr-united.yml
+++ b/.github/workflows/htr-united.yml
@@ -75,7 +75,7 @@ jobs:
           pip install chocomufin
       - name: Run ChocoMufin
         run: |
-          chocomufin generate table.csv ./data/**/*.xml
+          chocomufin generate ./char_table.csv ./data/**/*.xml
           cat table.csv
   HTRVX:
     runs-on: ubuntu-latest
diff --git a/data/CPgr23/METS.xml b/data/METS.xml
similarity index 100%
rename from data/CPgr23/METS.xml
rename to data/METS.xml
-- 
GitLab


From 8a07dbf6130d7aa52f8b3d82272bfab9b6fff8ab Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: github-actions <github-actions@github.com>
Date: Fri, 8 Mar 2024 14:50:51 +0000
Subject: [PATCH 07/11] [Automatic] Update the Catalog & the Badges

---
 badges/files.svg | 4 ++--
 htr-united.yml   | 2 +-
 2 files changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-)

diff --git a/badges/files.svg b/badges/files.svg
index 95d06aa..3927d81 100644
--- a/badges/files.svg
+++ b/badges/files.svg
@@ -17,7 +17,7 @@
         <text x="33.5" y="14">XML Files</text>
     </g>
     <g fill="#fff" text-anchor="middle" font-family="DejaVu Sans,Verdana,Geneva,sans-serif" font-size="11">
-        <text x="80.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">71</text>
-        <text x="79.0" y="14">71</text>
+        <text x="80.0" y="15" fill="#010101" fill-opacity=".3">70</text>
+        <text x="79.0" y="14">70</text>
     </g>
 </svg>
diff --git a/htr-united.yml b/htr-united.yml
index 0b3805b..ccbcdc6 100644
--- a/htr-united.yml
+++ b/htr-united.yml
@@ -106,7 +106,7 @@ url: https://gitlab.huma-num.fr/ecrinum/anthologia/htr_cpgr23
 volume:
 - count: 114289
   metric: characters
-- count: 71
+- count: 70
   metric: files
 - count: 3374
   metric: lines
-- 
GitLab


From 2b98555e8595e4b7cec34640124d1c38e74e303c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?= <alix.chague@inria.fr>
Date: Fri, 8 Mar 2024 15:56:45 +0100
Subject: [PATCH 08/11] fix chocomufin

---
 .github/workflows/htr-united.yml | 4 +---
 1 file changed, 1 insertion(+), 3 deletions(-)

diff --git a/.github/workflows/htr-united.yml b/.github/workflows/htr-united.yml
index 8232146..1dd0589 100644
--- a/.github/workflows/htr-united.yml
+++ b/.github/workflows/htr-united.yml
@@ -1,5 +1,3 @@
-
-
 # This file has been generated automatically with HTR-United <3 Github Actions form
 name: HTR United Workflow
 'on':
@@ -76,7 +74,7 @@ jobs:
       - name: Run ChocoMufin
         run: |
           chocomufin generate ./char_table.csv ./data/**/*.xml
-          cat table.csv
+          cat ./char_table.csv
   HTRVX:
     runs-on: ubuntu-latest
     steps:
-- 
GitLab


From e212dcab0a7caa16cbc2bb9f983160fd5d67504d Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?=
 <33317799+alix-tz@users.noreply.github.com>
Date: Fri, 8 Mar 2024 16:14:18 +0100
Subject: [PATCH 09/11] fix chocomufin

* chocomufin slightly differently set up
* added character table in commits
---
 .github/workflows/htr-united.yml   |  18 +--
 data/CPgr23/table.csv => table.csv | 178 ++++++++++++++---------------
 2 files changed, 98 insertions(+), 98 deletions(-)
 rename data/CPgr23/table.csv => table.csv (97%)

diff --git a/.github/workflows/htr-united.yml b/.github/workflows/htr-united.yml
index 1dd0589..f117638 100644
--- a/.github/workflows/htr-united.yml
+++ b/.github/workflows/htr-united.yml
@@ -59,7 +59,7 @@ jobs:
           git add htr-united.yml ./badges/
           git commit -m "[Automatic] Update the Catalog & the Badges" || echo "Nothing to commit"
           git push || echo "Nothing to push"
-  ChocoMufin:
+  HTRVX:
     runs-on: ubuntu-latest
     steps:
       - uses: actions/checkout@v2
@@ -70,12 +70,11 @@ jobs:
       - name: Install dependencies
         run: |
           python -m pip install --upgrade pip
-          pip install chocomufin
-      - name: Run ChocoMufin
+          pip install htrvx
+      - name: Run HTRVX
         run: |
-          chocomufin generate ./char_table.csv ./data/**/*.xml
-          cat ./char_table.csv
-  HTRVX:
+          htrvx --verbose --group --format alto --check-empty --segmonto --xsd ./data/**/*.xml
+  ChocoMufin:
     runs-on: ubuntu-latest
     steps:
       - uses: actions/checkout@v2
@@ -86,8 +85,9 @@ jobs:
       - name: Install dependencies
         run: |
           python -m pip install --upgrade pip
-          pip install htrvx
-      - name: Run HTRVX
+          pip install chocomufin
+      - name: Run ChocoMufin
         run: |
-          htrvx --verbose --group --format alto --check-empty --segmonto --xsd ./data/**/*.xml
+          chocomufin generate table.csv ./data/**/*.xml
+          cat table.csv
 
diff --git a/data/CPgr23/table.csv b/table.csv
similarity index 97%
rename from data/CPgr23/table.csv
rename to table.csv
index 56b643b..9fe3e97 100644
--- a/data/CPgr23/table.csv
+++ b/table.csv
@@ -1,112 +1,112 @@
 char,name,replacement,codepoint,mufidecode
-ἡ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA,,1F21,e
-ὤ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PSILI AND OXIA,,1F64,o
-á¼”,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH PSILI AND OXIA,,1F14,e
-ῶ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PERISPOMENI,,1FF6,o
-á½€,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH PSILI,,1F40,o
+á½”,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH PSILI AND OXIA,,1F54,u
+ή,GREEK SMALL LETTER ETA WITH TONOS,,03AE,e
+á¼³,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DASIA AND VARIA,,1F33,i
 ὓ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DASIA AND VARIA,,1F53,u
+⁛,FOUR DOT MARK,,205B,[UNKNOWN]
 Ï„,GREEK SMALL LETTER TAU,,03C4,t
-κ,GREEK SMALL LETTER KAPPA,,03BA,k
-ὕ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DASIA AND OXIA,,1F55,u
+⋇,DIVISION TIMES,,22C7,[UNKNOWN]
+ἕ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH DASIA AND OXIA,,1F15,e
+ὺ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH VARIA,,1F7A,u
+ζ,GREEK SMALL LETTER ZETA,,03B6,z
+ν,GREEK SMALL LETTER NU,,03BD,n
+ἆ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F06,a
+ÏŽ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH TONOS,,03CE,o
+á¼£,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA AND VARIA,,1F23,e
+ὐ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH PSILI,,1F50,u
+á¼¢,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PSILI AND VARIA,,1F22,e
+ἄ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI AND OXIA,,1F04,a
+ἂ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI AND VARIA,,1F02,a
+έ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH TONOS,,03AD,e
+á½€,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH PSILI,,1F40,o
+ὶ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH VARIA,,1F76,i
 ΐ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DIALYTIKA AND TONOS,,0390,I
-.,FULL STOP,,002E,.
-:,COLON,,003A,:
-á½¥,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH DASIA AND OXIA,,1F65,o
-á¼µ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DASIA AND OXIA,,1F35,i
-ὁ,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH DASIA,,1F41,o
-ι,GREEK SMALL LETTER IOTA,,03B9,i
+á½´,GREEK SMALL LETTER ETA WITH VARIA,,1F74,e
 x,LATIN SMALL LETTER X,,0078,x
-⁛,FOUR DOT MARK,,205B,[UNKNOWN]
-ὺ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH VARIA,,1F7A,u
-Ï‹,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DIALYTIKA,,03CB,u
+:,COLON,,003A,:
+α,GREEK SMALL LETTER ALPHA,,03B1,a
+á¾½,GREEK KORONIS,,1FBD,'
 ῦ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH PERISPOMENI,,1FE6,u
-γ,GREEK SMALL LETTER GAMMA,,03B3,g
-Ï…,GREEK SMALL LETTER UPSILON,,03C5,u
-ή,GREEK SMALL LETTER ETA WITH TONOS,,03AE,e
-∻,HOMOTHETIC,,223B,
+↑,UPWARDS ARROW,,2191,|
 á¼±,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DASIA,,1F31,i
-η,GREEK SMALL LETTER ETA,,03B7,e
-Ï€,GREEK SMALL LETTER PI,,03C0,p
-á½´,GREEK SMALL LETTER ETA WITH VARIA,,1F74,e
-φ,GREEK SMALL LETTER PHI,,03C6,ph
-ὶ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH VARIA,,1F76,i
-á¿“,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DIALYTIKA AND OXIA,,1FD3,i
-á¼²,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PSILI AND VARIA,,1F32,i
-á½¼,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH VARIA,,1F7C,o
-á¼…,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH DASIA AND OXIA,,1F05,a
-ο,GREEK SMALL LETTER OMICRON,,03BF,o
-※,REFERENCE MARK,,203B,
+ἧ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F27,e
+Ï…,GREEK SMALL LETTER UPSILON,,03C5,u
 á¼°,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PSILI,,1F30,i
-ἐ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH PSILI,,1F10,e
-ò,LATIN SMALL LETTER O WITH GRAVE,,00F2,o
-ψ,GREEK SMALL LETTER PSI,,03C8,ps
-á¿–,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PERISPOMENI,,1FD6,i
-↑,UPWARDS ARROW,,2191,|
 ε,GREEK SMALL LETTER EPSILON,,03B5,e
+ο,GREEK SMALL LETTER OMICRON,,03BF,o
+ἐ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH PSILI,,1F10,e
+ἡ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA,,1F21,e
+ό,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH TONOS,,03CC,o
 ὃ,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH DASIA AND VARIA,,1F43,o
-ᾶ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PERISPOMENI,,1FB6,a
-ξ,GREEK SMALL LETTER XI,,03BE,x
-~,TILDE,,007E,~
-á½²,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH VARIA,,1F72,e
+ἦ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F26,e
+Ï‹,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DIALYTIKA,,03CB,u
+η,GREEK SMALL LETTER ETA,,03B7,e
+á½°,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH VARIA,,1F70,a
+ἤ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PSILI AND OXIA,,1F24,e
+ύ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH TONOS,,03CD,u
+χ,GREEK SMALL LETTER CHI,,03C7,kh
+β,GREEK SMALL LETTER BETA,,03B2,b
+λ,GREEK SMALL LETTER LAMDA,,03BB,l
+∻,HOMOTHETIC,,223B,
+ἃ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH DASIA AND VARIA,,1F03,a
 ά,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH TONOS,,03AC,a
-ὦ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F66,o
-έ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH TONOS,,03AD,e
-ν,GREEK SMALL LETTER NU,,03BD,n
-á½”,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH PSILI AND OXIA,,1F54,u
-ρ,GREEK SMALL LETTER RHO,,03C1,r
+ὕ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DASIA AND OXIA,,1F55,u
+á½¼,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH VARIA,,1F7C,o
+á¼”,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH PSILI AND OXIA,,1F14,e
+θ,GREEK SMALL LETTER THETA,,03B8,th
+μ,GREEK SMALL LETTER MU,,03BC,m
+ὸ,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH VARIA,,1F78,o
 ὑ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DASIA,,1F51,u
-ÏŠ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DIALYTIKA,,03CA,i
-ζ,GREEK SMALL LETTER ZETA,,03B6,z
-á½°,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH VARIA,,1F70,a
-ὧ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F67,o
-ἆ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F06,a
-á¼€,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI,,1F00,a
-á¿’,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DIALYTIKA AND VARIA,,1FD2,i
 á¼ ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PSILI,,1F20,e
-á¼¥,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA AND OXIA,,1F25,e
+á¼´,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PSILI AND OXIA,,1F34,i
+á½²,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH VARIA,,1F72,e
+á½…,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH DASIA AND OXIA,,1F45,o
 ἁ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH DASIA,,1F01,a
-ὄ,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH PSILI AND OXIA,,1F44,o
-ἑ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH DASIA,,1F11,e
+á¼€,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI,,1F00,a
+ὤ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PSILI AND OXIA,,1F64,o
 ί,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH TONOS,,03AF,i
-ἧ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F27,e
-á½…,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH DASIA AND OXIA,,1F45,o
-ἃ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH DASIA AND VARIA,,1F03,a
-á½ ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PSILI,,1F60,o
-á½—,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F57,u
-á¼³,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DASIA AND VARIA,,1F33,i
-á¼¢,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PSILI AND VARIA,,1F22,e
-ἂ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI AND VARIA,,1F02,a
-λ,GREEK SMALL LETTER LAMDA,,03BB,l
-',APOSTROPHE,,0027,'
+ψ,GREEK SMALL LETTER PSI,,03C8,ps
+ÏŠ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DIALYTIKA,,03CA,i
 ω,GREEK SMALL LETTER OMEGA,,03C9,o
-β,GREEK SMALL LETTER BETA,,03B2,b
+κ,GREEK SMALL LETTER KAPPA,,03BA,k
+ὦ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F66,o
+á¼¥,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA AND OXIA,,1F25,e
+ρ,GREEK SMALL LETTER RHO,,03C1,r
+ὁ,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH DASIA,,1F41,o
 á¿£,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DIALYTIKA AND OXIA,,1FE3,u
-ÏŽ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH TONOS,,03CE,o
-á¿¥,GREEK SMALL LETTER RHO WITH DASIA,,1FE5,R
-χ,GREEK SMALL LETTER CHI,,03C7,kh
-ἄ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PSILI AND OXIA,,1F04,a
+',APOSTROPHE,,0027,'
+ὄ,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH PSILI AND OXIA,,1F44,o
+á½ ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PSILI,,1F60,o
+γ,GREEK SMALL LETTER GAMMA,,03B3,g
+ι,GREEK SMALL LETTER IOTA,,03B9,i
+ἑ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH DASIA,,1F11,e
+·,MIDDLE DOT,,00B7,
+á¼²,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PSILI AND VARIA,,1F32,i
+Ï€,GREEK SMALL LETTER PI,,03C0,p
+á¿’,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DIALYTIKA AND VARIA,,1FD2,i
+ὧ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F67,o
 ἶ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F36,i
-ὡ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH DASIA,,1F61,o
-ἤ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PSILI AND OXIA,,1F24,e
+á½—,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F57,u
+ᾶ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH PERISPOMENI,,1FB6,a
 á¿¢,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DIALYTIKA AND VARIA,,1FE2,u
-⋇,DIVISION TIMES,,22C7,[UNKNOWN]
+ἇ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F07,a
+※,REFERENCE MARK,,203B,
 á¼·,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F37,i
-·,MIDDLE DOT,,00B7,
-á¾½,GREEK KORONIS,,1FBD,'
-α,GREEK SMALL LETTER ALPHA,,03B1,a
-á½–,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F56,u
+ò,LATIN SMALL LETTER O WITH GRAVE,,00F2,o
+~,TILDE,,007E,~
 ΰ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH DIALYTIKA AND TONOS,,03B0,u
-δ,GREEK SMALL LETTER DELTA,,03B4,d
-ἦ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F26,e
-θ,GREEK SMALL LETTER THETA,,03B8,th
-á¼´,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PSILI AND OXIA,,1F34,i
-μ,GREEK SMALL LETTER MU,,03BC,m
-ὐ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH PSILI,,1F50,u
+φ,GREEK SMALL LETTER PHI,,03C6,ph
 σ,GREEK SMALL LETTER SIGMA,,03C3,s
-ὸ,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH VARIA,,1F78,o
-ἕ,GREEK SMALL LETTER EPSILON WITH DASIA AND OXIA,,1F15,e
-ύ,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH TONOS,,03CD,u
 ῆ,GREEK SMALL LETTER ETA WITH PERISPOMENI,,1FC6,e
-á¼£,GREEK SMALL LETTER ETA WITH DASIA AND VARIA,,1F23,e
-ό,GREEK SMALL LETTER OMICRON WITH TONOS,,03CC,o
-ἇ,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH DASIA AND PERISPOMENI,,1F07,a
+á¿“,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DIALYTIKA AND OXIA,,1FD3,i
+á¿¥,GREEK SMALL LETTER RHO WITH DASIA,,1FE5,R
+δ,GREEK SMALL LETTER DELTA,,03B4,d
+ξ,GREEK SMALL LETTER XI,,03BE,x
+á¿–,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH PERISPOMENI,,1FD6,i
+á½–,GREEK SMALL LETTER UPSILON WITH PSILI AND PERISPOMENI,,1F56,u
+á¼…,GREEK SMALL LETTER ALPHA WITH DASIA AND OXIA,,1F05,a
+á¼µ,GREEK SMALL LETTER IOTA WITH DASIA AND OXIA,,1F35,i
+ῶ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH PERISPOMENI,,1FF6,o
+.,FULL STOP,,002E,.
+á½¥,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH DASIA AND OXIA,,1F65,o
+ὡ,GREEK SMALL LETTER OMEGA WITH DASIA,,1F61,o
-- 
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From ad6e5a29ecd2baf8acde2f44d6ee5fe3cc8e1f91 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?= <alix.chague@inria.fr>
Date: Fri, 8 Mar 2024 16:43:21 +0100
Subject: [PATCH 10/11] adding a CITATION file

---
 CITATION.cff | 32 ++++++++++++++++++++++++++++++++
 1 file changed, 32 insertions(+)
 create mode 100644 CITATION.cff

diff --git a/CITATION.cff b/CITATION.cff
new file mode 100644
index 0000000..2740bb3
--- /dev/null
+++ b/CITATION.cff
@@ -0,0 +1,32 @@
+# This CITATION.cff file was generated with cffinit.
+# Visit https://bit.ly/cffinit to generate yours today!
+
+cff-version: 1.2.0
+title: >-
+  Codex palatinus graecus 23 - Ground Truth Dataset Medieval
+  Greek Manuscripts
+message: >-
+  If you use this dataset, please cite it using the metadata
+  from this file.
+type: dataset
+authors:
+  - given-names: Maxime
+    family-names: Guénette
+    orcid: 'https://orcid.org/0009-0006-2076-1220'
+  - given-names: Mathilde
+    family-names: Verstraete
+    orcid: 'https://orcid.org/0000-0003-1642-8610'
+  - given-names: Alix
+    family-names: Chagué
+    orcid: 'https://orcid.org/0000-0002-0136-4434'
+  - given-names: Marcello
+    family-names: Vitali-Rosati
+    orcid: 'https://orcid.org/0000-0001-6424-3229'
+repository-code: 'https://gitlab.huma-num.fr/ecrinum/anthologia/htr_cpgr23'
+keywords:
+  - HTR
+  - ground-truth
+  - greek
+  - medieval manuscript
+  - palatine anthology
+license: CC-BY-4.0
-- 
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From 8ad61fdf97a31902be46084f19d55e0b933bd124 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: =?UTF-8?q?Alix=20Chagu=C3=A9?= <alix.chague@inria.fr>
Date: Fri, 8 Mar 2024 16:46:07 +0100
Subject: [PATCH 11/11] adding dataset citation in readme

---
 README.md | 12 ++++++++++--
 1 file changed, 10 insertions(+), 2 deletions(-)

diff --git a/README.md b/README.md
index 31f3358..5c5d526 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -49,7 +49,15 @@ This dataset was built and is maintained by Maxime Guénette (@mguenette), Mathi
 
 ### Cite the Dataset
 
-<!-- add Bibtex citation for the dataset-->
+> Guénette, M., Verstraete, M., Chagué, A., & Vitali-Rosati, M. Codex palatinus graecus 23 - Ground Truth Dataset Medieval Greek Manuscripts [Data set]. https://gitlab.huma-num.fr/ecrinum/anthologia/htr_cpgr23
+
+```
+@misc{Guenette_Codex_palatinus_graecus,
+author = {Guénette, Maxime and Verstraete, Mathilde and Chagué, Alix and Vitali-Rosati, Marcello},
+title = {{Codex palatinus graecus 23 - Ground Truth Dataset Medieval Greek Manuscripts}},
+url = {https://gitlab.huma-num.fr/ecrinum/anthologia/htr_cpgr23}
+}
+```
 
 ### Cite the Project
 
@@ -61,4 +69,4 @@ This dataset was built and is maintained by Maxime Guénette (@mguenette), Mathi
 
 ## Infrastructure
 
-This project relied on the [CREMMA](https://cremmacall.sciencescall.org/) infrastructure.
\ No newline at end of file
+This dataset project relied on the [CREMMA](https://cremmacall.sciencescall.org/) infrastructure.
\ No newline at end of file
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